snakemake

Xây dựng hệ thống giống như make thường được sử dụng để tạo ra các quy trình công việc phức tạp, ví dụ: trong tin sinh học & nbsp;. snakemake nhằm giảm sự phức tạp của việc tạo ra các luồng công việc bằng cách cung cấp một tên miền cụ thể ngôn ngữ đặc tả sạch sẽ và hiện đại (DSL) trong phong cách python, cùng với một môi trường thực thi nhanh và thoải mái.
Cài đặt
- Trên Ubuntu 12.04, bạn có thể cài đặt các gói Debian python3-snakemake có sẵn trong kho bệ phóng của chúng tôi.
- Trên hệ thống khác, bạn cần cài đặt làm việc của Python> = 3,2. Tùy thuộc vào hệ thống của bạn, sau đó bạn có thể cài đặt snakemake bằng cách phát hành hoặc easy_install snakemake hoặc easy_install3 snakemake trong dòng lệnh. Nếu bạn không có đặc quyền quản trị viên, có một cái nhìn tại các --user luận của easy_install.
- Cuối cùng, snakemake có thể được cài đặt bằng tay bằng cách tải về các kho lưu trữ mã nguồn từ pypi.
Cách sử dụng
Snakemake cung cấp DSL đơn giản để mô tả quy trình công việc để tạo ra các tập tin trong một số bước sau:
mẫu = ["01", "02"]
# Tùy chọn xác định một thư mục, nơi làm việc cần được thực hiện.
workdir: "path / to / workdir"
# Tương tự để thực hiện, xác định các quy tắc giả mà hành động như xây dựng các mục tiêu.
loại trừ tất cả:
& Nbsp; đầu vào: "diffexpr.tsv", ...
cai trị tóm tắt:
& Nbsp; đầu vào: "{} mẫu .mapped.bam" .format (mẫu = s) cho s trong mẫu
& Nbsp; đầu ra: "diffexpr.tsv"
& Nbsp; chạy:
& Nbsp; # ... cung cấp một số mã python để tạo đầu ra từ các tập tin đầu vào
& Nbsp; # ví dụ:. truy xuất file đầu vào bởi chỉ số
& Nbsp; đầu vào [1]
& Nbsp; # access ký tự đại diện các giá trị
& Nbsp; wildcards.sample
& Nbsp; # dễ dàng chạy các lệnh shell tự động sử dụng shell mặc định của bạn trong khi truy cập trực tiếp
& Nbsp; # để tất cả các biến địa phương và toàn cầu thông qua các định dạng minilanguage
& Nbsp; đề = 6
& Nbsp; vỏ ("--threads somecommand {} {input đề [0]} {đầu ra [0]}")
cai trị map_reads:
& Nbsp; # gán tên cho các tập tin đầu vào và đầu ra
& Nbsp; đầu vào: đọc = "{} .fastq mẫu", hg19 = "hg19.fasta"
& Nbsp; # tập tin đầu ra dấu là ghi-bảo vệ sau khi sáng tạo
& Nbsp; đầu ra: ánh xạ bảo vệ = ("{} .mapped.sai mẫu")
& Nbsp; # Tùy chọn xác định các thông điệp được hiển thị thay vì mô tả quy tắc chung về việc thực hiện các quy tắc:
& Nbsp; thông điệp: "Mapping đọc cho {} input.hg19"
& Nbsp; đề: 8
& Nbsp; shell:
& Nbsp; # trực tiếp cung cấp các lệnh shell (trong một chuỗi đa hoặc đơn dòng) nếu cú ​​pháp python là không cần thiết.
& Nbsp; # một lần nữa, các biến toàn cầu và địa phương có thể được truy cập thông qua các định dạng minilanguage.
& Nbsp; # Hơn nữa, số lượng chủ đề được sử dụng bởi các quy tắc có thể được xác định. Scheduler snakemake đảm bảo rằng các quy tắc được chạy với số quy định của đề nếu đủ các lõi được làm sẵn có thông qua các tùy chọn dòng lệnh -j.
& Nbsp; "" "
& Nbsp; BWA ALN-t {đề} {} {input.hg19 input.reads}> {} output.mapped
& Nbsp; một số --other --command
& Nbsp; "" "
Với một "Snakefile" với một cú pháp như vậy, các công việc có thể được thực thi (ví dụ như sử dụng lên đến 6 quy trình song song) của issueing:
& Nbsp; snakemake -j6 -s Snakefile
Để biết thêm chi tiết xin vui lòng xem Hướng dẫn

Tính năng .

• Xác định công việc một cách văn bản bằng cách viết quy tắc như thế nào để tạo ra sản lượng tập tin từ tập tin đầu vào trong một cú pháp đơn giản dựa python. Ngược lại với GNU làm (mà chủ yếu là một hệ thống xây dựng), snakemake cho phép một quy tắc để tạo ra nhiều tập tin đầu ra.
• Snakemake tự động tính toán mà quy tắc cần phải được thực hiện để tạo ra các đầu ra mong muốn.
• Cả hai vỏ tắc dựa cũng như cú pháp python đầy đủ bên trong một quy tắc được hỗ trợ. Lệnh Shell có thể truy cập trực tiếp tới tất cả các biến python địa phương và toàn cầu.
• Giống như GNU làm, snakemake có thể lên lịch hành quy tắc song song nếu có thể. Hơn nữa, quy tắc liên song song có thể được kết hợp với nội quy tắc song song (ví dụ như chủ đề) và snakemake đảm bảo rằng số lượng lõi sử dụng không vượt quá giá trị nhất định.
• Tập tin có thể được đánh dấu là tạm thời (tức là họ có thể bị xóa khi không cần dùng nữa) hoặc bảo vệ (tức là họ sẽ được viết bảo vệ sau khi sáng tạo).
• Nhập và xuất tập tin có thể chứa nhiều ký tự đại diện được đặt tên.
• Nhập và xuất tập tin có thể được đặt tên như vậy mà giải quyết chúng trong các quy tắc trở nên tiện dụng.
• Một bản đồ-giảm như chức năng được thực hiện bằng cách sử dụng dễ dàng để đọc python cú pháp hiểu danh sách.
• Như một tính năng thử nghiệm, snakemake có thể chạy trên một cụm bằng cách xác định các lệnh trình (ví dụ như qsub cho Sun Grid Engine).

Yêu cầu :

• Python