E-Cell System

Hệ thống E-Cell là một khái niệm xây dựng các tế bào ảo trên máy tính.
Hệ thống E-Cell là một bộ phần mềm hướng đối tượng để mô hình hóa, mô phỏng và phân tích các hệ thống phức tạp với quy mô lớn như các tế bào sinh học, kiến ​​trúc của Kouichi Takahashi và được viết bởi một đội tuyệt vời của các nhà phát triển. Phần cốt lõi của hệ thống, E-Cell Simulation Environment phiên bản 3, cho phép nhiều thành phần theo định hướng bởi nhiều thuật toán với khoảng thời gian khác nhau để cùng tồn tại.
Dự án E-Cell là một dự án nghiên cứu quốc tế nhằm phát triển hỗ trợ lý thuyết cần thiết, công nghệ và nền tảng phần mềm cho phép mô phỏng tế bào toàn chính xác.
Hệ thống E-Cell bao gồm ba phần chính sau đây:
- E-Cell mô phỏng môi trường (hoặc E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Môi trường (hoặc E-di ME)
- Phân tích E-Cell Toolkit

Tính năng :

• khả năng cơ bản:
• mô hình hướng đối tượng và mô phỏng các hệ thống phức tạp.
• Plug-in kiến ​​trúc. Các lớp học sử dụng đối tượng mới có thể phát triển, tự động nạp, và được sử dụng trong mô phỏng.
• Real-thời gian tương tác người dùng và trực quan trong quá trình mô phỏng.


• Scripting:
• Python scripting của một phiên mô phỏng (thao tác chạy / dừng / tham số / xử lý dữ liệu, vv ...).
• Python scripting của một thí nghiệm mô phỏng có liên quan đến nhiều người chạy các phiên mô phỏng (như tham số điều chỉnh, phân tích kiểm soát chuyển hóa vv ..)
• Python kịch bản của thế hệ mô hình tập tin (ví dụ như xây dựng mô hình tự động từ cơ sở dữ liệu).


• Tương thích:
• mức SBML 1/2 nhập khẩu.
• mức SBML 1/2 xuất khẩu.


• tính toán song song:
• Chia sẻ bộ nhớ, multi-thread song song của một phiên mô phỏng duy nhất. (Sẽ được sáp nhập vào chi nhánh chính.)
• Cluster và lưới điện phân phối tính toán của nhiều phiên mô phỏng. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

là gì mới trong phiên bản này:.

• Phiên bản này cho biết thêm sửa lỗi khác nhau

là gì mới trong phiên bản 3.1.107 RC2:

• Cố định một lỗi trong ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Cố định một lỗi trong ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

là gì mới trong phiên bản 3.1.107 RC1:

• Cố định vấn đề biên dịch trên mới hơn GCC (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• pyecs Tích hợp vào pyecell. (Moriyoshi)
• Merged ecell.emc vào ecell.ecs để tránh tĩnh weirdness initializer trong một số nền tảng (bao gồm cả Mac OS X). (Moriyoshi)
• Hai GUI frontend (phiên màn hình và mô hình chủ biên) đã được gia hạn là hai gói các module python, ecell.ui.osogo và ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• GtkSessionMonitor Chuyển đến ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor cư trú trong ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Đổi tên ecell.SessionManager để ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Loại bỏ các hằng số sau từ ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)