edittag

edittag là một bộ sưu tập ứng dụng cho thiết kế bộ chỉnh sửa thẻ chuỗi số liệu, kiểm tra thẻ tự cho cấu để chỉnh sửa số liệu, và tích hợp thẻ tự để adapter sequencing nền tảng cụ thể và mồi PCR. edittag khác với phương pháp tiếp cận khác:
& Nbsp; * edittag tạo ra độ dài tùy ý chỉnh sửa-metric thẻ thứ tự trong khung thời gian sử dụng hợp lý đa
& Nbsp; * edittag sản xuất bộ tag chuỗi số liệu chỉnh sửa phù hợp với các chỉnh sửa khoảng cách được lựa chọn
& Nbsp; * edittag sử dụng primer3 để tích hợp thẻ tự để mồi PCR
Chúng tôi cung cấp một số lượng lớn tập hợp các số liệu chỉnh sửa thẻ tự thiết kế sử dụng edittag trong các định dạng sau:
& Nbsp; * văn bản - file này là trong một định dạng thích hợp cho check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * cơ sở dữ liệu SQLite
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Bộ lớn của việc xác định trình tự sửa-metric
thẻ để thuận lợi cho quy mô lớn dồn đọc từ ồ ạt
trình tự song song. doi_
Cài đặt:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
package.tar.gz wget
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py cài đặt
kho
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
gói tùy chọn (py-Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py cài đặt
gói tùy chọn (primer3)
Nếu bạn muốn thiết kế mồi kết hợp chỉnh sửa số liệu thẻ thứ tự, đầu tiên bạn cần cài đặt một phiên bản sửa đổi của primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
làm
thực hiện cài đặt
Đảm bảo rằng bạn di chuyển các tập tin nhị phân từ mod-primer3 đến một vị trí trong đường dẫn của bạn (di chuyển ít nhất primer3 dài và primer3_config vào cùng một thư mục trong đường dẫn của bạn). Sau đó bạn có thể chạy

Yêu cầu :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3