CodonW

CodonW là một chương trình được thiết kế để đơn giản hóa việc phân tích đa biến (phân tích tương ứng) của việc sử dụng codon và amino acid. Nó cũng tính toán các chỉ số tiêu chuẩn của việc sử dụng codon. Nó có cả menu và giao diện dòng lệnh.
Các dự án CodonW được viết bởi John Peden trong phòng thí nghiệm của Paul Sharp, Phòng Di truyền, Đại học Nottingham. John đang làm việc trong hệ gien người và hiện đang làm việc như quản lý cơ sở dữ liệu ProCardis tại WTCHG tại Đại học Oxford.
Dưới đây là một số tính năng chính của "CodonW":
· Viết bằng ANSI compliant C
· Menu điều khiển
· Mở rộng số lượng các tùy chọn dòng lệnh
· Mã di truyền độc lập
· Không giới hạn về
1. số các chuỗi
2. chiều dài chuỗi
· Tính chỉ số sử dụng codon
Chỉ số thích ứng Codon: 1. CAI
2. FOP: Tần số của codon tối ưu
3. Nc: số hiệu quả của codon
4. CBI: Codon Bias Index
· Tính chỉ số axit amin
Điểm số 1. Gravy
2. Aromaticity
· Tính phân tích tương ứng của
1. Cách sử dụng Codon
2. RSCU (sử dụng codon đồng nghĩa tương đối)
3. Amino axit sử dụng
· Phân tích Correspondence
1. có thể bao gồm / loại trừ codon / axit amin
2. có thể tạo các báo cáo chi tiết về các xu hướng
3. nỗ lực để xác định vị mã tối ưu tự động
4. có thể cho phép dữ liệu bổ sung bộ để được thêm
5. ghi lại bất kỳ số lượng các xu hướng
· Tính thông số gen
Chiều dài 1. Gene
2. GC, GC3s và vị trí codon cụ G + C
3. dinucleotide thành phần (trong tất cả ba khung codon)
4. Amino axit sử dụng
5. Relative sử dụng axit amin
6. Codon sử dụng
7. Relative sử dụng codon đồng nghĩa
· Can khái niệm dịch trình tự protein
· Dạng lại dữ liệu chuỗi
· Nhân hoặc máy đầu ra có thể đọc được
· Có thể ghép gen (trong khi bảo quản khung đọc) để tính toán
1. sử dụng codon tổng thể
Nội dung 2. GC
Thành phần 3. dinucleotide
· Tạo ra các bảng của codon, acid amin, hoặc sử dụng RSCU
· Thậm chí có thể giúp bạn tìm hiểu các mã di truyền.
· Và nhiều hơn nữa