Jmol

Jmol là một phần mềm đồ họa nguồn mở, đa nền tảng và miễn phí đã được thiết kế ban đầu để hoạt động như một trình xem phân tử cho các cấu trúc hóa học 3D. Nó chạy trong bốn chế độ độc lập, dưới dạng ứng dụng web HTML5, một chương trình Java, một ứng dụng Java và một thành phần phía máy chủ "không có đầu".

Các tính năng chính bao gồm hỗ trợ dựng hình 3D hiệu suất cao mà không yêu cầu bất kỳ phần cứng cao cấp nào, xuất tệp sang định dạng JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ và POV-Ray, hỗ trợ các đơn vị cơ bản, hỗ trợ RasMol và Chime ngôn ngữ kịch bản, cũng như thư viện JavaScript.

Ngoài ra, phần mềm hỗ trợ hoạt ảnh, bề mặt, rung động, quỹ đạo, phép đo, đối xứng và hoạt động của ô đơn vị và hình dạng sơ đồ.

Hiện tại, ứng dụng hỗ trợ nhiều định dạng tệp khác nhau, trong đó chúng tôi có thể đề cập đến MOL MDL, V3000 MDL, MDF SDF, MDFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO và MOPAC.

Ngoài ra, CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR và JME cũng được hỗ trợ .

Hỗ trợ tất cả các trình duyệt web chính

Phần mềm đã được thử nghiệm thành công với tất cả các trình duyệt web chính, bao gồm Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera và Safari. Các ứng dụng trình duyệt nói trên đã được thử nghiệm trên tất cả các hệ điều hành chính thống (xem phần tiếp theo để hỗ trợ OSes).

Được viết bằng ngôn ngữ lập trình Java, Jmol là một ứng dụng độc lập nền tảng được thiết kế để hỗ trợ tất cả các bản phân phối GNU / Linux, hệ điều hành Microsoft Windows và Mac OS X và bất kỳ hệ điều hành nào khác nơi cài đặt Java Runtime Environment.

Tính năng mới trong bản phát hành này:

• sửa lỗi: Jmol SMILES không cho phép tìm kiếm mã chèn - thêm & quot; ^ & quot; cho mã chèn: [G # 129 ^ A. *]

Tính năng mới trong phiên bản:

• sửa lỗi: Jmol SMILES không cho phép tìm kiếm mã chèn - - thêm & quot; ^ & quot; cho mã chèn: [G # 129 ^ A. *]

Có gì mới trong phiên bản 14.20.3:

• sửa lỗi: Jmol SMILES không cho phép chèn tìm kiếm mã - thêm & quot; ^ & quot; cho mã chèn: [G # 129 ^ A. *]

Tính năng mới trong phiên bản 14.6.5:

• sửa lỗi: Jmol SMILES không cho phép tìm kiếm mã chèn - thêm & quot; ^ & quot; cho mã chèn: [G # 129 ^ A. *]

Có gì mới trong phiên bản 14.6.1:

• sửa lỗi: Jmol SMILES không cho phép chèn tìm kiếm mã - thêm & quot; ^ & quot; cho mã chèn: [G # 129 ^ A. *]

Tính năng mới trong phiên bản 14.4.4 Phiên bản 2016.04.22:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh cho các hydro thêm vào
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Có gì mới trong phiên bản 14.4.4 Xây dựng 2016.04.14:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh cho các hydro thêm vào
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Tính năng mới trong phiên bản 14.4.4 Xây dựng 2016.03.31:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh cho các hydro thêm vào
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Có gì mới trong phiên bản 14.4.3 Xây dựng 2016.03.02:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh cho các hydrogens được thêm
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Tính năng mới trong phiên bản 14.4.3 Xây dựng 2016.02.28:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh cho các hydro thêm vào
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Tính năng mới trong phiên bản 14.4.2 Build 2016.02.05:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh cho các hydro thêm vào
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Tính năng mới trong phiên bản 14.4.0 Build 2015.12.02:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh cho các hydro thêm vào
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Tính năng mới trong phiên bản 14.2.15:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh cho các hydro thêm vào
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Có gì mới trong phiên bản 14.2.13:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh để thêm vào hydro
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Tính năng mới trong phiên bản 14.2.12:

• sửa lỗi: bộ nguyên tử chú thích không được điều chỉnh để thêm vào hydro
• sửa lỗi: 14.3.3_2014.08.02 đã phá vỡ trình đọc mmCIF
• sửa lỗi: Tệp nhị phânDocument (tệp Spartan) đọc bị hỏng trong 14.1.12_2014.03.18

Tính năng mới trong phiên bản 14.1.8 Beta:

• tính năng mới - đặt cartoonRibose:
• vẽ trong các vòng ribose, với các khía cạnh hiển thị vết nhăn
• kết nối qua C4'-C5'-O5'-P một cách rõ ràng
• hiển thị C3'-O3 'để tham chiếu.
• vô hiệu hóa cartoonBaseEdges (Các cạnh Leontis-Westhof)
• bị tắt bởi SET cartoonBaseEdges ON
• được đề xuất bởi Rick Spinney, Tiểu bang Ohio
• đối tượng địa lý mới: khung hoạt ảnh [a, b, c, d] hoạt động với các số âm để biểu thị các phạm vi:
• khung hoạt ảnh [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• đọc dưới dạng & quot; 1 đến 5 và sau đó từ 10 đến 6 & quot;
• tính năng mới: Trình đọc tệp Tinker (và nâng cấp trình đọc của FoldingXYZ):
• Có thể sử dụng Tinker :: nhưng điều này chỉ được yêu cầu nếu dòng đầu tiên CHỈ là một atomCount
• chứa định dạng Tinker cũ hơn với các nguyên tử n-1 cho atomCount
• cho phép các quỹ đạo và số kiểu máy mong muốn
• đối tượng địa lý mới: (thực tế là 13,1 nhưng không có giấy tờ) [51 50 49 48 47 46 45 (v.v.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (vv) ....]
• đối tượng địa lý mới: x = so sánh ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
• đối tượng địa lý mới: x = so sánh ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; tất cả & quot;)
• đối tượng địa lý mới: x = so sánh ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; tốt nhất & quot;)
• đối tượng địa lý mới: x = so sánh ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; H & quot;)
• đối tượng địa lý mới: x = so sánh ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; allH & quot;)
• đối tượng địa lý mới - x = so sánh ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; bestH & quot;):
• tạo một hoặc nhiều danh sách tương quan dựa trên SMILES không thơm
• tùy chọn bao gồm các nguyên tử H
• tùy ý tạo tất cả ánh xạ nguyên tử có thể
• trả về int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• trong đó a và bn là chỉ số nguyên tử hoặc danh sách khi & quot; tất cả & quot; tùy chọn được chọn.
• phần sau sẽ tạo ra một bản đồ tương quan nguyên tử cho hai cấu trúc bao gồm các nguyên tử hydro: các tệp tải & quot; a.mol & quot; & quot; b.mol & quot; x = so sánh ({1.1} {2.1} & quot; MAP & quot; & quot; H & quot;)
• sau đây so sánh mô hình caffeine từ NCI với mẫu từ PubChem:
• tải $ caffeine; tải phụ thêm: caffeine; khung *
• chọn 2.1; nhãn% [atomIndex]
• so sánh {1.1} {2.1} SMILES xoay dịch
• x = so sánh ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot; & quot; bestH & quot;)
• cho (a in x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; chọn atomindex = a1; nhãn @ a2}
• đối tượng địa lý mới: so sánh {model1} {model2} SMILES:
• không cần phải cung cấp SMILES; Jmol có thể tạo nó từ {model1}
• tính năng mới: x = {*}. tìm (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
• tạo SMILES với các nguyên tử H rõ ràng
• sửa lỗi: hàm substructure () sử dụng SMILES thay vì SMARTS, vì vậy chỉ có cấu trúc đầy đủ;
• sửa lỗi: đặt lỗi và thông báo lỗi tốt hơn trong các phương pháp liên quan đến SMILES
• sửa lỗi: làm cho việc phát hiện webexport của đường dẫn đến Jmol.jar và jsmol.zip mạnh mẽ hơn.
• sửa lỗi: getProperty extractModel không tôn trọng tập hợp con
• sửa lỗi: đặt pdbGetHeader TRUE không chụp REMARK3 REMARK290 REMARK350
• sửa lỗi: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) phải bao bọc giá trị trong {value: ...}
• sửa lỗi: MO mờ liên tục bị hỏng trong 11.x
• sửa lỗi: hiển thị MENU ghi MENU tải MENU tất cả bị hỏng trong 12.2
• sửa lỗi: {*} [n] phải trống nếu nAtoms

Có gì mới trong phiên bản 14.0.7:

• Sửa lỗi: 14.0.6 bị lỗi nghiêm trọng - hiển thị unitcell và echo, getProperty

Tính năng mới trong phiên bản 14.0.5:

• Sửa lỗi: LCAOCartoon mờ mờ
• Sửa lỗi: xương sống mờ bị hỏng
• Sửa lỗi: pqr, độc giả p2n bị hỏng
• Sửa lỗi: thuộc tính bản đồ isosurface xxx có thể thất bại nếu bề mặt là một đoạn mà (bằng cách nào đó) có một điểm không liên kết với nguyên tử cơ bản.

Tính năng mới trong phiên bản 14.1.5 Beta:

• sửa lỗi: LCAOCartoon mờ mờ
• sửa lỗi: xương sống mờ bị hỏng
• sửa lỗi: pqr, độc giả p2n bị hỏng
• sửa lỗi: thuộc tính bản đồ isosurface xxx có thể thất bại nếu bề mặt là một đoạn mà (bằng cách nào đó) có một điểm không liên kết với một nguyên tử cơ bản.

Có gì mới trong phiên bản 14.0.4:

• Sửa lỗi: tên lửa bị hỏng
• Sửa lỗi: PDB byChain, bySymop không được hỗ trợ.

Tính năng mới trong phiên bản 14.0.2:

• sửa lỗi: điều chế không phân biệt giữa q và t;
• sửa lỗi: các phép đo được điều chế không hoạt động
• sửa lỗi: không bỏ qua cài đặt mặc địnhMạng & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• sửa lỗi: isosurface bản đồ quỹ đạo nguyên tử không thành công
• sửa lỗi: hiển thị điều chế dao động với khoảng cách không cập nhật
• sửa lỗi: tắt rung gây ra cảnh báo không cần thiết trong bảng điều khiển
• sửa lỗi: vẽ symop bị hỏng
• sửa lỗi: array.mul (matrix3f) gặp sự cố Jmol
• sửa lỗi: chọn symop = 1555 bị hỏng
• sửa lỗi: đặt chọn dragSelected không hoạt động
• mã: CifReader được cấu trúc lại, tách ra mã MMCifReader và MSCifReader: đổi tên / tái cấu trúc lại các phương thức nhỏ trong SV
• mã: thêm javajs.api.JSONEgiao diện có thể thay đổi được
• triển khai siêu đơn giản trong org.jmol.script.SV
• cho phép triển khai các javaj để phân phối các kết quả JSON tùy chỉnh

Tính năng mới trong phiên bản 14.1.2 Beta:

• tính năng mới: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, expression):
• tốt hơn Jmol.đánh giá vì kết quả là biến JavaScript, không phải chuỗi.
• DEPRECATING JSmol api Jmol.evaluate (applet, biểu thức)
• tính năng mới: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• trả về mã JSON cho thuộc tính
• cho phép JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot;, & quot; một số biểu thức & quot;)
• tính năng mới: biến getPropertyInfo:
• cho phép truy xuất các biến ở định dạng Java hoặc JSON
• đánh giá biểu thức
• mặc định thành & quot; tất cả & quot;
• tính năng mới: điều chế có thể điều chỉnh theo q và t, tối đa d = 3:
• bật / tắt điều chế (tất cả nguyên tử)
• bật / tắt {atom set} bật / tắt
• điều chế int q-offset
• điều chỉnh x.x t-offset
• điều chế {t1 t2 t3}
• điều chế {q1 q2 q3} TRUE
• tính năng mới: selectedList:
• mảng được sắp xếp của các nguyên tử được chọn gần đây
• có thể được sử dụng giống như biến PICKED, nhưng nó được sắp xếp tuần tự, không phải tạm thời
• nhấp đúp vào cấu trúc sẽ xóa danh sách
• @ {pickedList} [0] nguyên tử được chọn cuối cùng
• @ {pickedList} [- 1] nguyên tử tiếp theo được chọn cuối cùng
• @ {pickedList} [- 1] [0] hai nguyên tử được chọn cuối cùng
• đối tượng địa lý mới: array.pop (), array.push () - tương tự như JavaScript
• tính năng mới: quy mô điều chế x.x
• tính năng mới: chú thích & quot; xxxxx & quot; x.x - số giây để chạy
• tính năng mới: điều chế 0,2 // đặt giá trị t
• đối tượng địa lý mới: mảng.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push (& quot; kiểm tra & quot;); in a.pop ()
• đối tượng địa lý mới: chọn bộ nguyên tử ON / OFF:
• bật hoặc tắt các nửa lựa chọn cũng như thực hiện lựa chọn
• chỉ tiện lợi
• tính năng mới: pt1.mul3 (pt2):
• trả về {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• nếu cả hai không phải là điểm, hãy hoàn nguyên thành phép nhân đơn giản
• reature mới: array.mul3 (pt2) - áp dụng mul3 cho tất cả các phần tử của mảng
• tính năng mới: {atomset} .điều chế (loại, t):
• phân phối P3 (điều chế dịch chuyển)
• chỉ được triển khai cho loại = & quot; D & quot; (tùy chọn)
• tùy chọn t là 0 theo mặc định
• sửa lỗi: điều chế không phân biệt giữa q và t;
• sửa lỗi: các phép đo được điều chế không hoạt động
• sửa lỗi: không bỏ qua cài đặt mặc địnhMạng & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• sửa lỗi: isosurface map orbital nguyên tử thất bại
• sửa lỗi: hiển thị điều chế dao động với khoảng cách không cập nhật
• sửa lỗi: tắt rung gây ra cảnh báo không cần thiết trong bảng điều khiển
• sửa lỗi: vẽ symop bị hỏng
• sửa lỗi: array.mul (matrix3f) gặp sự cố Jmol
• sửa lỗi: chọn symop = 1555 lỗi sửa lỗi: tập hợp chọn dragSelected không hoạt động
• mã: CifReader được tái cấu trúc, tách MMCifReader và MSCifReader
• mã: đổi tên nhỏ / tái cấu trúc các phương thức trong SV
• mã: thêm javajs.api.JSONEgiao diện có thể thay đổi được:
• triển khai siêu đơn giản trong org.jmol.script.SV
• cho phép triển khai các javaj để phân phối các kết quả JSON tùy chỉnh

Tính năng mới trong phiên bản 14.0.1:

• tính năng mới: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (mặc định 55)
• tính năng mới: hàm load (), như trong tải in (& quot; xxx & quot;), giới hạn đọc tệp cục bộ trong applet:
• không có tệp thư mục gốc
• không có tệp nào không có tiện ích mở rộng
• không có tệp nào có bất kỳ & quot; /.& quot; trong đường dẫn
• tính năng mới: tệp JAR được ký một cách an toàn
• tính năng mới: tệp JAR applet bao gồm JNLPs (Giao thức Khởi động Mạng Java) để tải tệp cục bộ
• tính năng mới: Tùy chọn URL JSmol _USE = _JAR = _J2S = ghi đè cho dữ liệu Thông tin
• tính năng mới: (đã có nhưng không có giấy tờ) quaternion in ([mảng quaternions]) - trả về có nghĩa là hình cầu a la Buss và Fillmore
• đối tượng địa lý mới: quaternion in ([mảng quaternions], true):
• trả về độ lệch chuẩn cho ý nghĩa hình cầu a la Buss và Fillmore
• đơn vị là độ góc
• tính năng mới - giá trị mô đun quaternion được đặt tên:
• quaternion in (1,0,0,0)% & quot; ma trận & quot;
• tùy chọn bao gồm w x y z bình thường eulerzxz eulerzyz vector theta axisx trục trục axisz axis matrix
• Tính năng ew - đặt celShadingPower:
• đặt cường độ tô bóng của người nổi tiếng
• giá trị số nguyên
• mặc định 10 là dòng dày
• 5 là một dòng tiền phạt
• 0 tắt chế độ che bóng của người nổi tiếng
• giá trị âm loại bỏ tô bóng bên trong - chỉ đường viền
• hoạt động trên pixel dựa trên nguồn sáng thông thường (nguồn & gt; 0) hoặc người dùng (power & lt; 0)
• đặt màu thành độ tương phản nền (đen hoặc trắng) khi normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• tính năng mới: mmCIF đọc báo cáo _citation.title trong bảng điều khiển tập lệnh Jmol
• tính năng mới: tối thiểu CHỌN SELECT {atomset} ONLY - CHỈ tùy chọn loại trừ tất cả các nguyên tử khác
• tính năng mới: thu nhỏ {atomset} - ẩn SELECT và CHỈ
• tính năng mới - & quot; tiện ích mở rộng & quot; thư mục trong JSmol cho các tập lệnh JS và SPT đã đóng góp:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• tính năng mới: tải ... bộ lọc & quot; ADDHYDROGENS & quot; - local set pdbAddHydrogens chỉ cho một lệnh tải
• đối tượng địa lý mới: so sánh {1.1} {2.1} THANH TOÁN SMILES
• đối tượng địa lý mới: danh sách = so sánh ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
• tính năng mới: viết JSON xxx.json
• tính năng mới: [# 210] Trình đọc JSON {& quot; mol & quot;: ...}
• tính năng ew - đặt particleRadius:
• bán kính toàn cầu cho các nguyên tử trên giá trị bán kính tối đa (16.0)
• mặc định là 20.0
• tính năng mới - bộ lọc CIF và PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; và & quot; BYSYMOP & quot; cho vi rút phân tử:
• chỉ tạo một nguyên tử trên mỗi chuỗi hoặc cho mỗi biểu tượng
• kích thước có thể được chia tỷ lệ lớn hơn tối đa 16 Angstrom sử dụng, ví dụ:
• đặt particleRadius 30;
• khoảng trống 30; // bất kỳ số nào trên 16 ở đây sử dụng particleRadius thay vì
• đối tượng địa lý mới: danh sách = so sánh ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• Tính năng mới: hàm symop () cho phép đối xứng từ bộ lọc sinh khối cho PDB và mmCIF
• tính năng mới - isosurface SYMMETRY:
• áp dụng toán tử đối xứng cho mặt phẳng isosurface
• tạo và hiển thị hiệu quả hơn
• lựa chọn mặc định chỉ {symop = 1}
• màu mặc định là màu bằng biểu tượng dựa trên propertyColorScheme
• ví dụ:
• tải bộ lọc 1p & quot; phân tử sinh học 1 & quot;
• biểu tượng thuộc tính màu
• độ phân giải bề mặt 0,8 đối xứng sasurface 0
• tính năng mới - thuộc tính atom mới: chainNo:
• tuần tự từ 1 cho mỗi mô hình;
• chainNo == 0 nghĩa là & quot; không có chuỗi & quot; hoặc chuỗi = ''
• tính năng mới - thuộc tính mớiColorScheme & quot; thân thiện & quot;:
• sơ đồ màu thân thiện với màu mù
• được sử dụng tại RCSD
• tính năng mới: JSpecView hoàn toàn không có Java; bao gồm in 2D nmr và PDF của quang phổ
• tính năng mới - VIẾT PDF & quot; xxx.pdf & quot; chất lượng & gt; 1 yêu cầu chế độ ngang:
• sử dụng các lớp tạo PDF tùy chỉnh hiệu quả
• kích thước hình ảnh để vừa nếu quá lớn
• tính năng mới: JSpecView thêm PDF và 2D NMR cho JavaScript
• tính năng mới: tải & quot; == xxx & quot; LỌC & quot; NOIDEAL & quot; - Tải thành phần hóa học từ PDB bằng cách sử dụng & quot; nonideal & quot; tập hợp tọa độ
• sửa lỗi: ghi CD đã xóa; ChemDoodle đã thay đổi định dạng; sử dụng JSON thay vì
• sửa lỗi: các tệp PDB và CIF đã chỉ ra các hội đồng như PAU làm số âm lớn
• sửa lỗi: COMPARE không có vòng quay bắt đầu vòng lặp vô hạn
• sửa lỗi: vấn đề lặp với độ trễ (-1)
• sửa lỗi: Di ​​chuột cho Chrome trong JavaScript
• sửa lỗi: trình đơn bật lên JavaScript sửa lỗi cho các thay đổi ngôn ngữ
• sửa lỗi: các thành phần cốt lõi JavaScript không được xử lý; Jmol._debugCode không được nhận dạng
• sửa lỗi: bù trừ unitcell không chính xác cho các phân tử sinh học; nguồn gốc không chính xác cho trục.
• sửa lỗi: isosurface / mo FRONTONLY bị hỏng
• sửa lỗi: bản địa hóa ngôn ngữ bị hỏng trong JavaScript
• sửa lỗi: Trình đọc ADF không đọc đầu ra MO từ DIRAC Build 201304052106
• sửa lỗi: Safari báo cáo thông tin Jmol màu vàng thay vì yêu cầu chấp nhận applet
• - thẻ cần thiết
• sửa lỗi: Trình đọc CIF không xử lý _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id đúng cách
• - bộ nguyên tử sai được đặt cho bộ lọc tải = 3fsx.cif & quot; LẮP ĐẶT 1 & quot;
• sửa lỗi: [# 558 Sự cố tương thích với ChemDoodle] Lỗi JSmol trong định nghĩa của Number.toString ()
• sửa lỗi: bánh xe chuột không hoạt động chính xác
• sửa lỗi: lỗi trình biên dịch J2S JavaScript không ép buộc int + = float thành số nguyên
• sửa lỗi: tùy chọn JavaScript WEBGL bị hỏng
• sửa lỗi: JavaScript NMRCalculation không truy cập tài nguyên
• sửa lỗi: âm thanh nổi JavaScript không được triển khai
• sửa lỗi: Trình sửa lỗi MOL dành cho tệp nhiều mô hình (chỉ 13.3.9_dev)
• sửa lỗi: lỗi trình đọc MOL với tải APPEND - không tiếp tục số nguyên tử
• sửa lỗi: trình đọc điều chế CIF không đọc kết hợp tuyến tính của vectơ sóng tế bào
• sửa lỗi: CIF đọc với bộ lọc & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; không thành công nếu chỉ hoạt động nhận dạng
• sửa lỗi: đầu đọc mmCIF không đọc tất cả các tùy chọn _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• sửa lỗi: mục nhập PDB CRYST 1.0 1.0 1.0 90 90 90 có nghĩa là & quot; không có ô đơn vị & quot; bất kể bộ lọc phân tử sinh học
• sửa lỗi: mảng isosurface không thích ứng tốt với các phân tử phẳng như HEM
• sửa lỗi: print userfunc () có thể không thành công (userfunc () của chính nó là tốt)
• sửa lỗi: bên trong (helix) không được triển khai cho các polyme C-alpha chỉ
• sửa lỗi: _modelTitle không được cập nhật khi tệp mới được tải hoặc được đặt
• sửa lỗi: {*}. symop.all không phân phối toán tử đối xứng một cách thích hợp
• sửa lỗi: đối với liên kết ba trong SMILES trong URL
• sửa lỗi: build.xml thiếu các lớp tạo PDF
• sửa lỗi: theo bản cập nhật Java, thêm kiểm tra đường dẫn thích hợp cho applet đã ký cục bộ
• sửa lỗi: {xxx} .property_xx không được lưu trong trạng thái (bị hỏng 8/7/2013 rev 18518)
• sửa lỗi: Tệp kê khai được cập nhật cho tệp JAR applet đã ký và chưa được ký
• sửa lỗi: ghi không thành công
• sửa lỗi: phương thức applet scriptWait () bị hỏng
• sửa lỗi: Phiên PyMOL có thể hiển thị ô đơn vị sau khi đọc từ trạng thái đã lưu
• sửa lỗi: Trình đọc MMCIF không thành công cho nhiều loại lắp ráp
• sửa lỗi: trình đọc CIF & quot; phân tử sinh học 1 & quot; dịch sang & quot; phân tử & quot; thay vì & quot; lắp ráp & quot;
• sửa lỗi: tải quỹ đạo với nhiều tệp không hoạt động
• sửa lỗi: menu bật lên của ứng dụng JS không đóng đúng khi thay đổi ngôn ngữ
• sửa lỗi: Thuộc tính id hộp kiểm HTML không được chỉ định
• mã: tái cấu trúc mã applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• mã: tái cấu trúc, đơn giản hóa các trình đọc đã lưu và các luồng đầu vào được lưu vào bộ đệm.
• mã: Tái cấu trúc JavaScript, xây dựng tốt hơn _... xml
• mã: Số nguyên JavaScript, Dài, Ngắn, Byte, Float, Tăng gấp đôi tất cả được làm lại
• mã: định hướng của GT ._
• code: Refactored tất cả các lớp bên trong không cần thiết đến cấp cao nhất
• mã: cô lập util / ModulationSet sử dụng api / JmolModulationSet
• mã - Tất cả nội dung ngôn ngữ applet được đọc từ các tệp .po đơn giản:
• đối với JavaScript đã
• không cần phải biên dịch các tệp lớp cho các ngôn ngữ applet
• không có tệp .jar ngôn ngữ
• thư mục jsmol / idioma mới chứa các tệp .po cho cả Java và HTML5
• mã: hiển thị nội dung nhanh hơn thêm nội dung ẩn & quot; frontonly & quot; với chọn {xxx} CHỈ
• mã: hiển thị nội dung nhanh hơn với ẩn & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; trong các trường hợp có liên quan (số nguyên)
• mã: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - hợp nhất tất cả các tham chiếu đến URL.getContent () và Class.getResource ()
• mã: JavaScript hoạt động xung quanh cho vấn đề lớp bên trong với gán lại tên biến
• mã: work-around cho eval (functionName) không hoạt động trong JavaScript.
• mã: thử nghiệm với sự tắc nghẽn môi trường xung quanh
• mã: Các tệp kê khai bắt buộc được thêm vào cho Java Ju51 (tháng 1 năm 2014).
• mã: JmolOutputChannel được chuyển đến javajs.util.OutputChannel
• mã: jsmol.php được cố định để cho phép & quot; trong phương thức saveFile
• mã: tái cấu trúc Trình phân tích cú pháp thành javajs.util
• mã: DSSP được chuyển đến org.jmol.dssx, giảm tải sinh học JSmol xuống 20K
• mã: gói iText bị hủy bỏ, không còn nec, vì tôi đã viết trình tạo PDF của riêng mình

Yêu cầu :

• Môi trường Chạy thử Oracle Java Standard Edition