CaPSID

capsid là một nền tảng toàn diện mã nguồn mở được tích hợp một hiệu suất cao đường ống tính toán để xác định trình tự tác nhân gây bệnh & nbsp; và đặc tính trong hệ gen của con người và transcriptomes cùng với một kết quả cơ sở dữ liệu mở rộng và một trang web dựa trên ứng dụng phần mềm dễ sử dụng cho việc quản lý, truy vấn và hình dung kết quả.
Bắt đầu
Bạn sẽ cần một cơ sở dữ liệu MongoDB, một Python 2.6+ cài đặt và Apache Tomcat 6+. Để biết thêm chi tiết, hãy đọc wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What là mới trong phiên bản này:

• Sửa chữa Thông báo lỗi khi chạy trừ và liên kết không được tìm thấy
• Nhiều việc về sửa chữa các truy vấn chạy dài

là gì mới trong phiên bản 1.4.2:

• Loại bỏ MongoKit phụ thuộc

là gì mới trong phiên bản 1.4.1:

• Sửa chữa trỏ dài thời gian chờ cho thống kê truy vấn chạy

là gì mới trong phiên bản 1.4.0:

• Thêm số liệu thống kê trong khi họ đang chạy chứ không phải tất cả ở cuối
• Tiết kiệm id duy nhất cho các gen như uid

là gì mới trong phiên bản 1.2.7:

• Sửa chữa README

là gì mới trong phiên bản 1.2.6:

• Phép trừ các bộ lọc ra unmapped khi tòa nhà có ánh xạ lần đọc

là gì mới trong phiên bản 1.2:

• Utility để tạo ra các tập tin từ FastQ unmapped đọc
• Utility để trở lại giao nhau của các file FastQ
• Utility để trả lại bộ lọc tập tin FastQ
• Added mapq ngưỡng cờ để trừ
• Gbloader bây giờ có thể tải bộ gen vi khuẩn và nấm
• Tiết kiệm tự gen để sử dụng cơ sở dữ liệu GridFS
• Giảm bộ nhớ khi tính toán thống kê
• trình con sử dụng thay vì os.system
• điểm mapq lọc cần bao gồm 0

là gì mới trong phiên bản 1.1:

• Thêm hỗ trợ cho cặp-end lần đọc

là gì mới trong phiên bản 1.0.1:

• Thêm hỗ trợ cho MongoDB xác thực

Yêu cầu :

• Python