goby

bống là một API Python để đọc các tập tin dữ liệu nhị phân được tạo ra bằng cách sử dụng khung quản lý dữ liệu cá bống tượng next-gen.
Thông thường, thư mục này đến như là một phần của gói cá bống tượng hoàn chỉnh, có sẵn từ:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Các gói phần mềm hoàn chỉnh bao gồm các mã nguồn Java. Nếu bạn đã tải phần mềm này từ PyPI hoặc một số nguồn Python-cụ thể khác, bạn có thể đã nhận được chỉ là một phần của mã Python.
Phát triển Cảnh báo
Các thư viện cá bống tượng Python không phải là trưởng thành như việc thực hiện Java. Nó có thể là lỗi hơn và không có ý định cung cấp một bộ hoàn chỉnh các tính năng được tìm thấy trong các phiên bản Java.
Cài đặt:
& Nbsp; 1. Hãy chắc chắn rằng bạn có Python 2.5 hoặc mới hơn. Nếu nghi ngờ, hãy chạy:
python -V
& Nbsp; 2. Tải về và cài đặt các gói điều kiện tiên quyết python:
& Nbsp; 1. Bộ đệm Nghị định thư
& Nbsp; có sẵn từ http://code.google.com/p/protobuf/ hoặc PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python thay thế cho java.util.Properties
& Nbsp; có sẵn từ http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Cài đặt gói Goby:
python setup.py cài đặt
& Nbsp; Bước này có thể đòi hỏi đặc quyền superuser.
Cách sử dụng:
Kịch bản ví dụ được cung cấp để chứng minh làm thế nào để truy cập vào nội dung của các tập tin cá bống tượng trong Python.
& Nbsp; * Dưới đây là làm thế nào để quét một tập tin liên kết cá bống tượng:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Các tập tin basename.entries và basename.header phải thoát.)
& Nbsp; * Các lệnh tiếp theo sẽ in nội dung của một tập tin liên kết dưới dạng văn bản:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Các lệnh tiếp theo sẽ chuyển đổi một nhỏ gọn đọc tập tin sang định dạng FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact-đọc
& Nbsp; * Các lệnh tiếp theo sẽ in số liệu thống kê về các nội dung của một tập tin nhỏ gọn đọc:
GobyReadsStats.py file.compact-đọc

Yêu cầu :

• Python