tigreBrowser

tigreBrowser là một gen biểu hiện mô hình trình duyệt cho kết quả từ gói R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Cài đặt:
tigreBrowser đòi hỏi Python phiên bản> = 2.5. tigreBrowser có thể được cài đặt với các lệnh sau đây:
python setup.py cài đặt
Để biết thêm thông tin về cài đặt các module python (ví dụ, lắp đặt mà không cần quyền root để chỉ những người dùng hiện tại), thấy http://docs.python.org/install/
máy chủ Bắt đầu
Các máy chủ web trong tigreBrowser phải chạy để sử dụng các trình duyệt kết quả thực tế.
Bạn sẽ cần một tập tin cơ sở dữ liệu được tạo ra bởi các gói R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Gói này có chứa một cơ sở dữ liệu kiểm tra tập tin 'database.sqlite' mà có thể được sử dụng để kiểm tra tigreBrowser. Các cơ sở dữ liệu thử nghiệm được tạo ra bằng cách sử dụng các lệnh và dữ liệu ví dụ bao gồm trong gói tigre.
Thực tigreServer.py để bắt đầu giao diện người dùng đồ họa của máy chủ. Để khởi động trình duyệt kết quả, đầu tiên người ta phải chọn một tập tin cơ sở dữ liệu trong đó kết quả sẽ được hiển thị. Điều này có thể được thực hiện bằng cách chọn 'Tập tin cơ sở dữ liệu mở' và chọn một tập tin cơ sở dữ liệu. Các tập tin cơ sở dữ liệu không phải có quyền ghi. Các máy chủ có thể được bắt đầu bằng cách nhấp vào 'Bắt ​​đầu máy chủ'. Khi nhấn vào, một nhãn xuất hiện bên dưới các nút để hiển thị URL của trình duyệt kết quả.
Trình duyệt kết quả là bây giờ có thể truy cập vào địa chỉ URL bằng cách sử dụng một trình duyệt web thông thường. Hướng dẫn về việc sử dụng các trình duyệt là trong phần tiếp theo của hướng dẫn này. Các trình duyệt có sẵn cho đến khi máy chủ được dừng lại với các nút 'Dừng máy chủ'.
tigreServer.py cũng có thể được sử dụng với một giao diện dòng lệnh. Bắt đầu kịch bản với '--help' tùy chọn để biết thêm chi tiết.
Sử dụng trình duyệt
Lựa chọn Dataset
Việc lựa chọn số liệu xác định kết quả sẽ hiển thị trong danh sách kết quả và thứ tự nào. Việc lựa chọn thiết lập thử nghiệm được sử dụng để chọn các bộ thí nghiệm. Chỉ có kết quả từ các thí nghiệm này sẽ được hiển thị trong danh sách.
Tiếp theo trong việc lựa chọn tập dữ liệu là việc lựa chọn các yếu tố phiên mã (TF) hoặc mục tiêu đề ra, tùy thuộc vào việc các trình duyệt kết quả được thiết lập chế độ Target hoặc điều chỉnh chế độ xếp hạng xếp hạng (xem cài đặt). Trong chế độ cấp mục tiêu, việc lựa chọn TF có sẵn và danh sách kết quả chứa các kết quả cho các mục tiêu khác nhau với các TF nhất định. Trong chế độ cấp điều chỉnh, thiết lập mục tiêu được lựa chọn và danh sách sẽ hiển thị kết quả cho cơ quan quản lý khác nhau.
Vì số lượng các kết quả có thể rất cao, kết quả có thể được chia thành nhiều trang. "Số lượng gen trên mỗi trang" lựa chọn có thể được sử dụng để điều chỉnh số lượng kết quả cho thấy. Nó có thể hữu ích để giảm số lượng các kết quả nếu tải trang chậm do số lượng lớn các hình ảnh.
Cuối cùng, thứ tự trong đó kết quả được trình bày có thể được thay đổi bằng những "Sắp xếp theo" lựa chọn. Kết quả sẽ được sắp xếp descendingly bởi các tiêu chí nhất định.
Lọc
Kết quả có thể được lọc theo các tiêu chí khác nhau. Người ta có thể, ví dụ, hiển thị kết quả chỉ cho gen có z-score cao hơn một ngưỡng nhất định.
Nó có thể kết hợp nhiều tiêu chí khi lọc. "[+]" Liên kết có thể được sử dụng để thêm tiêu chí khác. Một tiêu chí tương tự như vậy có thể được loại bỏ bằng cách sử dụng "[-]" liên kết (không cho thấy khi chỉ có một tiêu chí). Khi nhiều tiêu chí được sử dụng, một kết quả gen phải đáp ứng tất cả các tiêu chí được thể hiện trong bảng liệt kê.
Filtering được kích hoạt bằng cách sử dụng "Áp dụng bộ lọc" hộp kiểm.
Làm nổi bật
Nếu gen trong cơ sở dữ liệu chứa dữ liệu bổ sung, kết quả có thể được đánh dấu bằng cách sử dụng dữ liệu đó. Các tùy chọn có sẵn làm nổi bật được thể hiện với các màu sắc liên quan đến những lựa chọn.
Các công trình nổi bật bằng cách hiển thị các hộp màu bên dưới các tên thăm dò trong danh sách kết quả cho gen có số liệu bổ sung phù hợp với lựa chọn.
Tìm kiếm
Có thể tìm kiếm kết quả cho các gen nhất định. Các công trình tìm kiếm bằng cách gõ dấu phẩy tách ra danh sách tên các gen hoặc dò tìm vào hộp tìm kiếm. Gene bí danh cũng có thể được sử dụng như là một mục tìm kiếm.
Hiển thị kết quả
Các kết quả cho việc lựa chọn cho các tập dữ liệu, bộ lọc, nổi bật và tìm kiếm sẽ được thể hiện khi nút "Gửi" được nhấp. Các cơ sở dữ liệu sau đó sẽ được truy vấn về kết quả mà phù hợp với lựa chọn nhất định. "Reset" nút có thể được sử dụng để xóa tất cả các lựa chọn và textfields.
Các danh sách kết quả chứa nhiều cột. Trong cột đầu tiên một tên đầu dò được hiển thị với một GENENAME liên quan đến việc thăm dò. Bên cạnh tên gen, là con số biểu hiện gen nếu được định nghĩa trong cơ sở dữ liệu. Các cột tiếp theo chứa các kết quả thực tế cho gen. Mọi dữ liệu bổ sung cũng được hiển thị ở đây. Số liệu thí nghiệm sẽ được hiển thị cùng với các giá trị kết quả.
. Cuối cùng, thông số thử nghiệm, nếu đưa vào cơ sở dữ liệu, sẽ được hiển thị như một bảng bên cạnh những con số

Yêu cầu :

• Python