mpiBLAST là một thực hiện song song MPI dựa của NCBI BLAST. Dự án bao gồm một cặp chương trình thay thế formatdb và blastall với các phiên bản mà thực hiện công việc BLAST song song trên một cụm các máy tính với Bộ KH & ĐT đã cài đặt. Có hai ưu điểm chính để sử dụng mpiBLAST so với BLAST truyền thống.
Đầu tiên, mpiBLAST chia tách các cơ sở dữ liệu trên mỗi nút trong cluster. Bởi vì phân khúc của mỗi nút của các cơ sở dữ liệu là nhỏ hơn nó thường có thể cư trú trong bộ đệm cache, đạt tốc độ tăng đáng kể do việc loại bỏ các đĩa I / O. Thứ hai, nó cho phép người dùng BLAST để tận dụng hiệu quả, chi phí thấp Beowulf cluster vì nhu cầu thông tin liên lạc interprocessor thấp.
mpiBLAST đạt được sự tăng tốc siêu tuyến tính trong trường hợp cơ sở dữ liệu là quá lớn để phù hợp với bộ nhớ RAM, và gần tốc độ tính toán trong các tình huống khác. Nó không đòi hỏi một cụm chuyên dụng.
Yêu cầu:
Bình luận không