Swiss-PdbViewer (aka DeepView) là một ứng dụng cung cấp một giao diện người dùng thân thiện cho phép phân tích một số protein cùng một lúc. Các protein có thể được chồng để suy ra sự sắp xếp, cấu trúc và các trang web so sánh hoạt động của họ hoặc bất kỳ bộ phận có liên quan khác. Đột biến amino acid, H-trái phiếu, góc và khoảng cách giữa các nguyên tử là dễ dàng để có được nhờ vào giao diện đồ họa và menu trực quan.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) đã được chú trọng phát triển từ năm 1994 bởi Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer được liên kết chặt chẽ với SWISS-MODEL, một máy chủ mô hình tương đồng tự động phát triển trong Viện Thụy Sĩ Bioinformatics (SIB) ở cấu Bioinformatics Group tại Biozentrum ở Basel.
Làm việc với hai chương trình này làm giảm đáng kể số lượng công việc cần thiết để tạo ra các mô hình, vì nó có thể để một sợi chuỗi protein chính vào một mẫu 3D và nhận được một thông tin phản hồi ngay lập tức như thế nào protein luồng sẽ được được chấp nhận bởi các cấu trúc tham khảo trước khi gửi yêu cầu để xây dựng các vòng mất tích và tinh chỉnh bao bì sidechain.
Swiss-PdbViewer cũng có thể đọc các bản đồ mật độ electron, và cung cấp các công cụ khác nhau để xây dựng vào mật độ. Ngoài ra, công cụ mô hình khác nhau được tích hợp các tập tin và lệnh cho các gói giảm thiểu năng lượng phổ biến có thể được tạo ra.
Cuối cùng, như một phần thưởng đặc biệt, cảnh POV-Ray có thể được tạo ra từ quan điểm hiện tại để làm cho hình ảnh chất lượng tia truy cảnh quan tuyệt đẹp.
Điều gì là mới trong phiên bản này:
- Các Thymine C6 nguyên tử tại là đúng tải
- Cố định đầu ra vòng lặp vô tận POV-Ray trên phiên bản PC
- Các tai nạn thường xuyên trong khi lưu các tập tin PDB (như 2i37) trên PC đã được cố định
- Cập nhật địa chỉ của Uppsala Electron Density Bản đồ chủ
Bình luận không