Open Babel

Open Babel là một mã nguồn mở, hợp tác, tự do và đa nền phần mềm thư viện mà đã được thiết kế để hoạt động như một hộp công cụ hóa học đặc biệt thiết kế để nhận ra rất nhiều ngôn ngữ của dữ liệu hóa học. Nó chỉ đơn giản là được mệnh danh là & ldquo; The Open Hóa học Toolkit & rdquo;. Các tính năng tại một glanceWith mở Babel, người dùng sẽ có thể tìm kiếm, phân tích, chuyển đổi, và lưu trữ dữ liệu từ hóa học, mô hình phân tử, hóa sinh, cũng như các lĩnh vực khác có liên quan. Nó hỗ trợ một loạt các định dạng tập tin hóa học thông thường, bao gồm Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, SMILES, và CML.
Ngoài ra, Open Babel cung cấp hỗ trợ bộ công cụ, MIME hóa một lập trình đầy đủ tính năng của, Smarts khớp, nguyên tử linh hoạt / typer trái phiếu, xóa hydrogen, bổ sung, bitvector lớp, ma trận và vector biến đổi, cũng như một suite.Under xét nghiệm phân tử mui xe và hỗ trợ hoạt động systemsOpen Babel được viết hoàn toàn bằng C ++ ngôn ngữ lập trình. Nó & rsquo; sa đúng phần mềm cross-nền tảng hỗ trợ GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows và các hệ điều hành Mac OS X. Cả hai máy tính 32-bit và 64-bit được hỗ trợ chính thức tại thời điểm viết this.Getting bắt đầu với Open BabelFirst của tất cả, chúng tôi khuyên bạn nên cài đặt mở Babel bằng cách sử dụng các gói nhị phân trước khi xây dựng từ các kho phần mềm mặc định của bạn phân phối Linux. Nếu hệ thống GNU / Linux của bạn không & rsquo; t có phần mềm mở Babel trong Repos của nó, sau đó bạn & rsquo; sẽ cần phải biên dịch và cài đặt các ứng dụng bằng cách sử dụng nguồn cung cấp trên kho lưu trữ phổ Softoware.
Tải về các tarball (archive tar.gz), giải nén nó vào một vị trí của sự lựa chọn của bạn, mở một terminal emulator, điều hướng đến thư mục trích xuất và thực hiện các & ldquo;. Cmake & rdquo; lệnh (không có dấu ngoặc kép) để cấu hình dự án. Sau đó, bạn phải chạy & ldquo; làm & rdquo; lệnh, mà không có dấu ngoặc kép, tất nhiên, để biên dịch nó. Hãy chắc chắn rằng công cụ CMake in được cài đặt trên hệ điều hành của bạn trước khi hướng dẫn ở trên

là gì mới trong phiên bản này:.

• Phiên bản này đại diện cho một lỗi-sửa chữa-phát hành lớn và phải là một nâng cấp ổn định, mạnh mẽ khuyến cáo cho tất cả người dùng của Open Babel. Nhiều lỗi và cải tiến đã được thêm vào trong các năm qua kể từ khi phiên bản 2.3.0.

là gì mới trong phiên bản 2.2.2:

• Phiên bản này đại diện cho một phiên bản lỗi, sửa chữa lớn và là một nâng cấp ổn định, mạnh mẽ khuyến cáo cho tất cả người dùng của Open Babel. Trong khi có thể không có nhiều tính năng mới, nhiều tai nạn và các lỗi khác đã được cố định từ 2.2.1.
• Nâng cấp lên các phiên bản mới Inchi 1.02 để sản xuất tiêu chuẩn hóa và Inchi InChIKey đầu ra.
• Sửa nhiều lỗi lập thể khi đọc / viết SMILES. Đây là một phần của một dự án lớn sẽ được hoàn thành trong phiên bản 2.3.
• Cố định biên soạn và cài đặt trên Cygwin và MinGW nền tảng.
• aromaticity cải thiện đáng kể và chuyển nhượng trái phiếu Kekule.
• Cải thiện 2D - & gt; 3D phối hợp hệ
• Cải thiện hệ phối hợp hoạt động bằng cách sử dụng dòng lệnh --gen3d
• Cải thiện hiệu suất cho hệ phối hợp.
• New --fillUC hoạt động dòng lệnh cho babel.
• Fixes để pH phụ thuộc vào hydrogen ngoài.
• Thêm hỗ trợ cho việc đọc dữ liệu dao động từ Molden, Molpro, và NWChem tập tin đầu ra.
• Cập nhật bán kính nguyên tử từ tính toán lý thuyết gần đây.
• Cố định lỗi khi đọc Mol2 hoặc XML file gzip nén.
• Đóng tập tin sau khi một lỗi. Sửa chữa một lỗi với Pybel nơi các tập tin sẽ vẫn mở cửa.
• Nhiều sửa lỗi và cải tiến tính năng nhỏ. == New File Formats == Import & Export:
• Molpro đầu vào và đầu ra.
• VASP phối hợp tập tin (CONTCAR và POSCAR).

là gì mới trong phiên bản 2.2.1:

• Cải thiện giao diện kịch bản, bao gồm hỗ trợ Python 3 và cải thiện Java và C # hỗ trợ.
• Thêm hỗ trợ cho MACCS dấu vân tay. Nhờ dự án RDKit.
• Nhiều bản sửa lỗi và cải tiến đối với các mã trường lực. Đặc biệt, việc thực hiện trường lực UFF nên xử lý nhiều phân tử hơn.
• Cải thiện 3D phối hợp thế hệ, đặc biệt là với những mảnh nhẫn. Bạn có thể cung cấp cho một thử này với tiện ích obgen.
• Cố định một loạt các lỗi nhập PDB với các loại nguyên tử.
• Thêm hỗ trợ cho việc đọc phí và bán kính từ các định dạng tập tin PQR.
• Thêm hỗ trợ cho việc đọc và viết các tế bào đơn vị trong các định dạng PDB.
• New & quot; đầu ra & quot; định dạng tập tin dành chung & quot; .out & quot ;, & quot; & quot ;, .log và & quot; .dat & quot; tập tin và đọc sách với các loại tập tin thích hợp dựa trên nội dung. Hiện nay hoạt động rất tốt đối với các gói hóa học lượng tử.
• Nhập cải thiện xử lý lỗi và báo cáo khi không thể tải các định dạng tập tin.
• Cải thiện CIF hỗ trợ định dạng tập tin.
• Nhiều, rất nhiều, rất nhiều sửa lỗi bổ sung và cải tiến nhỏ.