STEME

Các dự án STEME bắt đầu cuộc sống như là một xấp xỉ với các thuật toán Expectation-Maximisation cho các loại mô hình được sử dụng trong Finders motif như MEME.
STEME & rsquo; s EM xấp xỉ chạy một đơn đặt hàng của các cường độ nhanh hơn so với việc thực hiện MEME cho các thiết lập thông số điển hình. STEME hiện nay đã phát triển thành một công cụ tìm motif đầy đủ chính thức ở bên phải của riêng của nó.
Tại sao sử dụng STEME?
Kỹ thuật phát hiện motif chứng minh
STEME được dựa trên các thuật toán MEME cố gắng và thử nghiệm. MEME là một trong những người tìm motif trưởng thành và phổ biến nhất. Đó là một trong những nghệ sĩ hàng đầu trong Tompa et al & rsquo;. S so sánh điểm chuẩn của Finders motif.
Được thiết kế cho bộ dữ liệu lớn
STEME được thiết kế để sử dụng trên các loại dữ liệu lớn thường được tạo ra bởi những thí nghiệm sinh học hiện đại. STEME đã được thử nghiệm trên đầu vào là hàng chục megabases, nhưng không có lý do tại sao nó không nên được sử dụng trên các tập dữ liệu lớn hơn.
Nhanh
STEME là nhanh. Thông thường người tìm motif có một thời gian chạy mà phát triển nhanh chóng với các kích thước của đầu vào. Do STEME & rsquo; s sử dụng cây hậu tố nó không bị vấn đề này. STEME cung cấp tùy chọn để kiểm soát thời gian chạy để người dùng điều khiển bao lâu họ đang chuẩn bị để chờ kết quả.
Mô hình motif linh hoạt
Nhiều người tìm motif (đặc biệt là nhanh chóng dò tìm motif enumerative) sử dụng các chuỗi sự đồng thuận như mô hình liên kết. Đây không phải là linh hoạt như các PWM rằng STEME sử dụng và không thể chụp cùng một loạt các họa tiết như PWM.
Dễ dàng sử dụng
STEME sản lượng sản xuất trong MEME & rsquo; s định dạng cũng được thành lập làm cho nó dễ dàng để sử dụng trong các công cụ phía hạ lưu. STEME & rsquo; s đầu ra đã được thử nghiệm với các công cụ từ MEME, BioPython và BioPerl.
Tính toán chính xác ý nghĩa
STEME & rsquo; s tính toán quan trọng được thiết kế với các bộ dữ liệu lớn trong tâm trí. Finders Motif chưa được viết cho các tập dữ liệu lớn có thể thường bị trù ý nghĩa của những hoa văn họ tìm thấy. Đây là một vấn đề đặc biệt xảo quyệt và khó khăn cho người sử dụng để xác định.
Có sẵn như là một dịch vụ web
STEME có thể được cài đặt cục bộ trên máy tính của bạn hoặc có thể được chạy trên các trang web trên máy chủ của chúng tôi.
Tài liệu gói

Yêu cầu :

• Python