MacMolPlt

MacMolPlt là một công cụ trực quan hóa học có thể được sử dụng để xây dựng các phân tử với một người xây dựng mô hình đồ họa tích hợp, tạo ra các tập tin đầu vào cho chương trình hóa học tính toán GAMESS, và sau đó hình dung kết quả của lần chạy hóa học tính toán. Tính năng bao gồm một màn hình hiển thị 3D chất lượng cao, hình ảnh động của chế độ bình thường và các chuỗi phản ứng và xuất sang một loạt các định dạng bao gồm cả hình ảnh chất lượng cao và QuickTime và Flash phim.

• Input sử dụng:
• định dạng tập tin MolPlt đấm ra bởi GAMESS
• bằng dán trong tọa độ Descartes từ bất kỳ GAMESS hoặc Gaussian tập tin đăng nhập
• bất kỳ đầu vào GAMESS, đăng nhập hoặc tập tin irc
• Xmol tập tin theo kiểu XYZ
• định dạng file Molden
• Protein Ngân hàng dữ liệu (pdb ) tập tin
• Chemical Markup Language (CML) các tập tin
• Xây dựng đồ họa với một biên tập viên phân tử tương tác
• Xây dựng bằng tay sử dụng kiểu Descartes hoặc Z-Matrix tọa nội
• hiển thị 3D của cấu trúc và chế độ bình thường
• Animation của chế độ Normal.
• 3D xoay thời gian thực và dịch dưới sự kiểm soát chuột
• Tính toán của bất kỳ tham số Z-ma trận
• Trực đo / khoảng cách màn hình, góc độ và dihedrals
• tạo ra tự động của Linear Least Motion (LLM) đường dẫn
2D và 3D tính toán và hiển thị:
• obitan phân tử (AO của, MO, hay LMO của)
• Mật độ Tổng Electron
• chênh lệch mật độ
• Phân tử điện Potentials (MEPMaps)
• phát tập tin đầu vào cơ bản cho GAMESS
• OpenGL sử dụng để render 3D chất lượng cao
• Hỗ trợ cho đối xứng phân tử
• Tạo ra các nguyên tử phụ thuộc đối xứng
• Xác định nguyên tử đối xứng độc đáo
• Tự động xác định danh sách các nhóm điểm hỗ trợ cho một tập hợp các tọa độ.
• Rotate độ vào các nguyên tắc định hướng đúng
• Display khai thác đối xứng đối với nhiều nhóm điểm
• đầu ra chất lượng bản (màu hoặc trắng đen) qua in trực tiếp hoặc Copy và Paste vào ứng dụng khác.
• Output trong một loạt các hình thức bao gồm cả Windows bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Flash Movies và phim QuickTime.

là gì mới trong phiên bản này:

Một số cải tiến đã được thực hiện vào mã hiển thị. Tùy chọn đã được thêm vào các Pane 3D của prefernces cho shading mịn có và không có bóng tối.
Hỗ trợ sơ sơ cho các tập tin liên kết MOPAC.
Thêm tùy chọn để chuyển tầm nhìn của ab initio, MM, và các nguyên tử EFP.
Cải thiện hỗ trợ cho mô hình lõi tiềm năng.
Thêm một cái móc ở những người xây dựng đầu vào cho chương trình GAMESSQ mới.
Cải thiện các phân tích cú pháp tập tin PDB.