GENESIS (viết tắt của chung Neural mô phỏng hệ thống) là một mô phỏng nền tảng mục đích chung được phát triển để hỗ trợ các mô phỏng của hệ thống thần kinh khác nhau, từ các thành phần dưới tế bào và các phản ứng sinh hóa để mô hình phức tạp của tế bào thần kinh duy nhất, mô phỏng của các mạng lớn, và systems- mô hình cấp.
GENESIS đã cung cấp cơ sở cho các khóa học trong phòng thí nghiệm trong mô phỏng thần kinh tại Caltech, các phòng thí nghiệm sinh học biển, các đảo Crete, Trieste, Bangalore, và các khóa học ngắn Obidos ở Computational Neuroscience, và ít nhất 49 trường đại học trong đó chúng tôi được biết.
Hầu hết các ứng dụng hiện tại liên quan đến GENESIS mô phỏng thực tế của hệ thống thần kinh sinh học. Mặc dù phần mềm cũng có thể mô hình mạng trừu tượng hơn, mô phỏng khác là phù hợp hơn cho lan truyền ngược và mô hình hóa connectionist tương tự.
Lắp đặt
1. Chọn những nơi mà bạn muốn cài đặt "genesis" cây thư mục. Nếu bạn đang làm cho một hệ thống toàn cài đặt là "root", / usr / local là một lựa chọn tốt. Để cài đặt cá nhân, không có đặc quyền root, bạn có thể sử dụng thư mục nhà của bạn ("~"). Thay đổi để thư mục này và giải nén vào thư mục gốc từ các tập tin lưu trữ genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz. Ví dụ như,
cd / usr / local
tar xvzf /mnt/cdrom/genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz
hoặc từ bất cứ nơi nào bạn có nó (ví dụ ~ / downloads / genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz).
2. Chuyển tới thư mục "gốc" và chạy các kịch bản cài đặt mà tạo ra các ".simrc" GENESIS khởi tạo tập tin ". Sau đó, sao chép .simrc vào thư mục nhà của bạn.
cd genesis
./binsetup
cp .simrc ~
3. Finallly, thêm thư mục gốc để tìm kiếm con đường của bạn, do đó "genesis" có thể được tìm thấy từ bất kỳ thư mục mà bạn đang ở. Nếu shell đăng nhập của bạn là bash, bạn có thể làm điều này bằng cách chỉnh sửa tập tin .bashrc trong thư mục nhà của bạn thêm dòng
PATH = $ PATH: / usr / local / genesis
ở phần cuối của tập tin. Nếu bạn đang sử dụng tcsh hoặc csh là shell lệnh của bạn, thêm
thiết lập đường dẫn = ($ path / usr / local / genesis)
để .tcsh bạn hoặc tập tin .csh.
Tại thời điểm này, bạn đã sẵn sàng để thử chạy GENESIS. Thay đổi vào thư mục gốc / Scripts và thử một số các hướng dẫn được đề xuất trong các tập tin README
là gì mới trong phiên bản này:.
- Nhiều sửa lỗi và cải tiến.
Bình luận không