ZOOM Lite

ZOOM Lite là một ánh xạ dữ liệu trình tự và hình dung phần mềm thế hệ tiếp theo. Bộ gen người sử dụng đầu vào tham khảo và Illumina / Solexa ngắn đọc các tập tin hoặc AB không gian màu rắn đọc các tập tin trong các định dạng khác nhau, chẳng hạn như * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta vv ZOOM đầu ra các kết quả lập bản đồ của những ngắn đọc trên trình tự tham khảo. ZOOM Lite có một hạt nhân ánh xạ nhanh và chính xác dựa trên một lý thuyết mới được thiết kế nhiều khoảng cách hạt giống. Cả hai single-end và cặp-end lần đọc của độ dài khác nhau từ 15bp để 240bp có thể bị xử lý. Bất kỳ số bất xứng và một chèn / xóa các độ dài khác nhau giữa việc đọc và vùng mục tiêu của mình về trình tự tham khảo được phép. Độc đáo kết quả ánh xạ hoặc tốt nhất (top N) kết quả cho từng đọc sẽ được báo cáo theo các sai lệch tối thiểu và thời gian indel. Điểm chất lượng được sử dụng để nâng cao độ chính xác lập bản đồ. Dựa trên nhân lập bản đồ, ZOOM Lite cho phép người dùng tải dữ liệu đọc và dữ liệu trình tự tham khảo, chọn thông số thích hợp, xử lý dữ liệu khối lượng cao tại song song trong lên đến bốn CPU, giám sát các tác vụ đang chạy, lưu trữ các kết quả lập bản đồ, xem đồ thị của kết quả lập bản đồ và bản đồ kết quả đầu ra trong hoặc * .BED hoặc * định dạng tập tin .GFF để biết thêm khảo sát với UCSC thông tin trình duyệt theo dõi. Kết quả lập bản đồ có thể được xem ở bất kỳ quy mô mong muốn, từ đồ thị độ sâu đọc qua toàn bộ nhiễm sắc thể để sắp xếp thứ tự chi tiết giữa đọc và trình tự tham khảo. Người dùng dễ dàng điều hướng đến các khu vực quan tâm chỉ đơn giản thông qua kéo thả chuột hoặc cuộn. ZOOM Lite là một dẫn xuất của phần mềm ZOOM Studio

là gì mới trong phiên bản này:.

Phiên bản 1.5 bao gồm các định dạng SAM xuất khẩu, kiến ​​trúc điều chỉnh, tối ưu hóa mã tốt hơn, nhỏ hơn chương trình kích thước nhị phân, và nâng cấp dabase engining cho hiệu suất tốt hơn.