Topographica

Topographica là một gói phần mềm cho mô hình tính toán của bản đồ thần kinh.
Các đối tượng là để giúp các nhà khoa học hiểu rõ chức năng não ở cấp độ của bản đồ địa hình tạo nên hệ thống cảm giác và vận động.
Topographica là nhằm bổ sung cho nhiều mô phỏng ở mức độ thấp neuron tốt mà có sẵn, chẳng hạn như Genesis và Neuron. Những mô phỏng tập trung vào mô hình hóa các hành vi nội bộ chi tiết của tế bào thần kinh và các mạng nhỏ của họ.
Topographica thay vì tập trung vào cấu trúc quy mô lớn và chức năng đó là có thể nhìn thấy chỉ khi hàng ngàn tế bào thần kinh ấy được nối kết vào bản đồ địa hình có chứa hàng triệu kết nối.
Nhiều hiện tượng quan trọng không thể nghiên cứu mà không có mạng lưới lớn như vậy, bao gồm cả các tổ chức hai chiều của định hướng thị giác và bản đồ hướng chuyển động, và phân khúc đối tượng và các quá trình phân nhóm.
Để thực hiện mô hình như vậy thực tế, trong Topographica đơn vị cơ bản là một tấm tế bào thần kinh, chứ không phải là một tế bào thần kinh hoặc một phần của một tế bào thần kinh.
Đối với hầu hết các mô phỏng, các tấm có thể được thực hiện ở mức độ cao, bao gồm trừu tượng bắn suất hoặc tế bào thần kinh tích hợp-và-lửa.
Khi được yêu cầu để xác nhận hoặc cho các hiện tượng cụ thể, Topographica dễ dàng có thể được mở rộng bằng cách sử dụng một tấm mà giao diện với các mô hình nơron chi tiết hơn trong mô phỏng khác.
Tấm ít chi tiết cũng có thể được sử dụng tạm thời, ví dụ: khi tương tác với các mô hình trong thời gian thực.
Trong suốt, Topographica làm cho nó đơn giản để sử dụng một mức độ thích hợp của các chi tiết và phức tạp, được xác định bởi sức mạnh sẵn có của máy tính thì hiện tượng quan tâm, và lượng dữ liệu sinh học có sẵn để xác nhận.
Các con số ở trên bên phải cho thấy một ví dụ Topographica mô hình của giai đoạn đầu trong hệ thống thị giác, mô hình hóa cách võng mạc đầu vào được chuyển hóa bởi đồi thị, vỏ não thị giác sơ cấp, và các khu vực vỏ não cao hơn. Bởi vì Topographica là một bản đồ chung mục đích mô phỏng, nó cũng hỗ trợ bất kỳ phương thức cảm khác được tổ chức thành các bản đồ địa hình, chẳng hạn như liên lạc và thính giác, cũng như khu vực vận động.
Topographica là tự do có sẵn để tải về, và là một dự án mã nguồn mở có khả năng có thể được mở rộng và sửa đổi bởi bất kỳ người sử dụng. Chúng tôi hoan nghênh sự đóng góp của người sử dụng, và mời những người quan tâm để tham gia đội ngũ phát triển phân phối trên toàn cầu của chúng tôi.
Mặc dù các mã vẫn còn đang được phát triển rất tích cực, nó được sử dụng hàng ngày trong nhiều dự án nghiên cứu và các lớp học.
Với tốc độ phát triển chóng mặt hiện nay, là một nhà phát triển có lẽ là cách tốt nhất để theo kịp với tất cả các thay đổi.