SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter là một công cụ Python đồ họa tương tác phân đoạn ngăn xếp hình ảnh của các tế bào trong mô với cạnh nhãn & nbsp (aka cương trắng.);. Các tương tác này hoàn toàn dựa trên các chỉnh sửa của hạt giống, mà lần lượt được mở rộng bởi một bước ngoặt thuật toán. Sự khác biệt lớn giữa SWS và các công cụ khác là bạn có thể đặt nhiều hơn một hạt giống cho mỗi tế bào có thể giúp bạn điều chỉnh địa giới của các tế bào khó khăn.
SWS được xây dựng trên đầu trang của wxPython, matplotlib, numpy, scipy, và mahotas.
Tại cốt lõi của nó, nó sử dụng một thuật toán ngoặt nhanh như chớp (nhờ vào các dự án mahotas) và cho phép cập nhật theo thời gian thực. Nó có một đơn giản (nếu lộn xộn) UI và là tương tác đầy đủ, thậm chí bao gồm cả 1 cấp undo.
Các ấn phẩm về SWS cung cấp cho tất cả các chi tiết và nhiều hơn nữa trong Cytometry Phần A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Mã nguồn được nhân đôi cho bốn kho và để PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Các trang Google Code cũng có một số bản nhị phân (http://code.google.com/p/seedwater/) mà nên làm việc trên 32-bit Windows hoặc Linux 64-bit, nhưng giờ đây là những tuổi. Vui lòng sử dụng phương pháp "easy_install" bây giờ.
Để biết thêm chi tiết, xem Python Cài đặt Hướng dẫn 20XX.txt Bạn cũng có thể muốn đọc hướng dẫn: SeedWater segmenter V xx Manual.txt
Cài đặt và chạy
Cài đặt là Cuối cùng dễ dàng!
Trong thực tế, bạn có thể bây giờ "easy_install SeedWaterSegmenter"
Hướng dẫn nhanh:
Windows / Mac:
& Nbsp; Cài đặt Enthought Python Distribution http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python python-ảnh-xlrd python-xlwt
Trong một cửa sổ cmd (phải chạy như là Administrator trong Windows Vista / 7) hoặc Terminal (Mac / Linux), chạy:
& Nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Hướng dẫn chi tiết:
Phiên bản mới nhất được gọi là:
"Python Cài đặt Hướng dẫn Tháng Tám 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Cài đặt Hướng dẫn Tháng Tám 2012.txt

Yêu cầu :

< li> Python