NeuronVisio

NeuronVisio kết nối với tế bào thần kinh bằng cách sử dụng giao diện Python tế bào thần kinh mới.
Cài đặt:
Để cài đặt NeuronVisio bạn cần phải đáp ứng các phụ thuộc sau đây
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * hình ảnh
& Nbsp; * matplotlib
Dễ dàng cài đặt
Cách dễ nhất để có được neuronvisio là nếu bạn có cài đặt setuptools:
easy_install neuronvisio
Nếu không có setuptools, nó vẫn còn khá dễ dàng. Tải về các tập tin từ trang neuronvisio.tgz Cheeseshop neuronvisio của, tar nó và chạy:
python setup.py cài đặt
Tài liệu
Các tài liệu có sẵn trong thư mục doc hoặc trực tuyến.
Quickstart
Mã này chỉ là để cho một ý tưởng làm thế nào để sử dụng mô-đun nrnvisio:
1. cháy lên một giao diện điều khiển ipython với switch pylab .:
& Nbsp; ipython -pylab # Nếu bạn không sử dụng các chuyển đổi bạn sẽ không thấy bất kỳ đồ thị.
2. Nhập khẩu các module:
& Nbsp; từ neuronvisio.controls nhập Controls
& Nbsp; điều khiển = Controls ()
Khi nrnvisio được bắt đầu chủ đề được đưa ra. Trong chủ đề này tất cả các quá trình nrnvisio sẽ xảy ra mà không ngăn chặn các giao diện điều khiển.
Như một ví dụ nhanh các mã sau đây:
& Nbsp; 1. Tạo ra một phần duy nhất được gọi là soma
& Nbsp; 2. Chèn một kênh Hodgkey-Huxley và dẫn thụ động
& Nbsp; 3. Chèn một alphaSynapse để cung cấp một Stimul.
Một ví dụ nhanh chóng có thể là sau ::
từ Controls nrnvisio.controls nhập khẩu
điều khiển Controls = () # Bắt đầu từ các GUI
từ nhập khẩu neuron h # Bắt HocInterpreter
soma = h.Section () # Tạo một phần
soma.insert ('hh') # Chèn một kênh HH
soma.insert ('pas') # chèn một dẫn thụ động
syn = h.AlphaSynapse (0,5, sec = soma) # synaptic đầu vào
syn.onset = 0,5 # khi cháy
syn.gmax = 0.05 # độ dẫn của các khớp thần kinh
syn.e = 0 # tiềm năng đảo chiều
Nhiều ví dụ trong chương trình ví dụ thư mục như thế nào để sử dụng Neuronvisio với mô hình phức tạp hơn

Tính năng .

• 3D trực quan của mô hình với khả năng thay đổi nó thời gian chạy
• Tạo ra các vectơ để ghi lại bất kỳ biến hiện diện trong phần
• Pylab tích hợp âm mưu trực tiếp kết quả của các mô phỏng
• Exploration của timecourse của bất kỳ biến trong thời gian sử dụng một màu sắc quy mô mã
• GUI chạy trong chủ đề riêng của nó nên nó có thể sử dụng giao diện điều khiển (đề nghị mạnh mẽ ipython)

Yêu cầu :

• Python