Marvin

Các dự án Marvin cung cấp một bộ sưu tập các công cụ Java cho bản vẽ, hiển thị và đặc trưng cấu trúc hóa học, hạ tầng và các phản ứng.
Marvin có thể được dễ dàng cài đặt trên máy tính để bàn của bạn và tích hợp hoàn toàn vào các trang web và các ứng dụng của bên thứ ba thông qua giao diện lập trình ứng dụng của nó (API).
Các gia đình Marvin bao gồm các công cụ sau đây:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applet hay Đậu?
Marvin có sẵn trong hai gói tùy thuộc vào cách sử dụng:
* Marvin Applet cho các nhà phát triển web
* Marvin Beans cho máy tính để bàn của nhà hóa học và cho các nhà phát triển phần mềm.
Marvin Applet là công cụ để xây dựng các trang web hóa học, đó là tương thích với hầu hết các trình duyệt (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, vv) Chúng tôi cung cấp truy cập từ / đến JavaScript và có thể tùy chỉnh các thông số của applet.
Marvin Đậu là ứng dụng dễ dàng cài đặt cho các máy tính để bàn và các công cụ cho việc tích hợp khả năng Marvin vào bất kỳ ứng dụng Java

là gì mới trong phiên bản này:.

• MarvinSketch:
• tìm kiếm cơ sở dữ liệu công cộng trong chemicalize.org.
• Có thể thay đổi thứ tự ligand trong MarvinSketch.
• Fog quả có thể được kiểm soát trong nhiều cách khác nhau:
• Có một thanh trượt trên các tab hiển thị của hộp thoại Preferences trong Sketch / Xem giao diện để thiết lập sức mạnh của sương mù có hiệu lực và một hộp kiểm để tắt sương mù hiệu lực tự động.
• Applet và đậu các thông số được giới thiệu: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forum chủ đề).
• Gắn với một điểm gắn nhóm không tự động tách nhóm các Sgroup nữa.
• Xác định hàm lượng S-nhóm:.
nhiều và generic S-nhóm có chứa toàn bộ đồ thị con giữa trái phiếu qua các dấu ngoặc
• Cập nhật nội dung S-nhóm nếu các vị trí khung thay đổi: hoặc dấu ngoặc đơn hoặc cấu trúc được chuyển
.
• S-group nhúng và chồng lên nhau được kiểm tra tại kiểm tra tính thống nhất phân tử.
• Smarts nhập khẩu hỗ trợ cacbon béo có liên kết đôi (forum chủ đề).
• nụ cười nhập khẩu / xuất khẩu hỗ trợ allenes.
• Tạo tên truyền thống cho các mảnh vỡ bên trong một hợp chất lớn hơn (ví dụ như & quot; dextromethorphan hydrobromide & quot;).
• Hỗ trợ cho chuyển đổi số CAS.
• Cải thiện OCR sửa lỗi trong DocumentExtractor (thiếu dấu phẩy, dấu ngoặc loại misrecognized, thêm dấu cách, ...).
• Document Extractor trên các tài liệu PDF ngay bây giờ cho số trang của lượt truy cập.
• Cải thiện hỗ trợ cho các tên thông thường trong cấu trúc-to-tên và tên-to-cấu trúc. Các hỗ trợ chung cho tên nhập khẩu tăng khoảng 5% cho chung và 10% cho các tên có hệ thống. Tốc độ chuyển đổi được tăng lên khoảng 20%.
• JChem và Marvin Beans trình cài đặt cho Windows cũng trích shell script cho Cygwin.
• Bảo tồn nhóm exocycyclic trong Bemis-Murcko khuôn khổ.
• Halogen có thể có nhiều hơn một kết nối trong thời gian điều tra.
• trái thơm được xem xét trong tính toán các số liên kết đôi để kiểm tra tính tương đồng.
• chế độ lựa chọn Lasso có thể được thiết lập để được mặc định trong MSketchPane (forum chủ đề).
• Một chức năng mới, isChiral đã được thêm vào TopologyAnalyzer.
• New chmical Điều khoản chức năng: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Sửa lỗi:
• hộp Name không được cập nhật sau khi tạo nhóm vì tạo một nhóm không tăng graph bất biến số thay đổi (forum chủ đề).
• ứng dụng MarvinSketch không hiểu & quot; - {name} & quot; tham số dòng lệnh.
• Khi cấu trúc & gt; Tìm cấu trúc đơn trực tuyến đã được gọi dưới Linux, trình duyệt mặc định có thể không được phát hiện để hiển thị kết quả (forum chủ đề).
• Tải của các tập tin từ bộ nhớ cache isotopes.data java thất bại nếu phiên bản nén của nó được lưu trữ trong bộ nhớ đệm (tức là nếu uncompression được thực hiện tự động bởi một máy chủ web, và không phải bởi Marvin). Diễn đàn chủ đề, tài liệu hướng dẫn.
• đối tượng đồ họa không được hiển thị trong cửa sổ kết quả Geometry Plugin.
• Trên mũi tên electron-flow, hộp màu xanh để làm nổi bật được bỏ qua (forum chủ đề).
• để phối tử đã không được hiển thị trên các giàn giáo nếu các định nghĩa đã bị xóa, thậm chí nếu các & quot; Luôn & quot; Tùy chọn hiển thị được thiết lập cho & quot; ligand Đơn hàng & quot; trên hộp thoại sở thích.
• Index của nguyên tử đa trung tâm đã trở thành tham nhũng sau khi xuất khẩu sang định dạng MDL Mol nếu nó được kết nối với một R-group.
• mũi tên bị mắc kẹt vào hình chữ nhật đã bị hư hỏng trong quá trình MRV nhập khẩu / xuất khẩu (chủ đề diễn đàn).
• Nhập khẩu 1 chữ peptide không thành công tại một đơn histidine (forum chủ đề).
• hydro Implicit bị mất tích bằng cách nhập từ SKC.
• giá trị tài sản của Null MolAtom đã không xuất khẩu / nhập khẩu ở định dạng MRV.
• Bằng cách nhập khẩu thông minh nhất định, loại trái phiếu sai được xác định thay vì trái phiếu đơn lẻ hoặc thơm.
• Một số dấu ngoặc nhập khẩu từ các tập tin CDX vẽ trong ChemDraw được hiển thị theo hướng sai lầm.
• Smarts xuất khẩu:. 1 nguyên tử láng giềng trái phiếu đơn lẻ của một vòng thơm đã được xuất khẩu dưới dạng trái phiếu duy nhất thay vì đơn / thơm
• Xuất khẩu truy vấn với các nút liên kết và R-nhóm ở định dạng thông minh là không chính xác.
• Việc xử lý nguyên tử H là mơ hồ trong Smarts biểu thức.
• Mol tập comment nhập lĩnh vực thất bại.
• Nhập khẩu của SMILES nhất định là sai (forum chủ đề).
• Nếu mẫu chứa một phần chuỗi mà có thể được đặt trong các mục tiêu như là một phần của một vòng (hoặc hệ thống vành đai) chúng ta nên bỏ qua một phần của mẫu.
• The Fine với Hydrogenize tùy chọn Clean3D không tách nhóm S-nhóm tự động (forum chủ đề).
• Molecule.contractSgroups () sai lầm tọa độ phân tử (forum chủ đề).
• hydro Explicit không được thực hiện đúng vào tài khoản trong tính toán lập thể Cis / Trans.
• phát Tautome ném ArrayIndexOutOfBoundsException trong một số trường hợp.
• tương đồng liệt kê sản xuất các phân tử không phù hợp cho một số đầu vào VMN.
• phí không đúng tính sau khi áp dụng CovalentCounterion fixer.
• Các định dạng đầu ra đăng nhập của dòng lệnh StructureChecker khác với định dạng đầu ra của wizard.
• ChiralFlagErrorChecker đã không xử lý đối xứng một cách chính xác. Thay vì tính toán đối xứng từ dữ liệu chẵn lẻ, nó được sử dụng một thực hiện dựa trên các phương pháp isChiral của TopologyAnalyser.

là gì mới trong phiên bản 5.4.0.1:

• Highlighting của mũi tên dòng electron đã sai khi cơ sở hoặc điểm cuối cùng là một trái phiếu (forum chủ đề).
• cấu hình đơn đăng đã không làm việc.
• Các chỉ số của nguyên tử đa trung tâm đã được tạo ra trong quá sai MDL MOLFile xuất khẩu trong trường hợp của các cấu trúc mà R-group đã được kết nối với các nguyên tử đa trung tâm (trái phiếu biến vị trí).
• hydro Implicit bị mất tích từ các nguyên tử sau khi nhập khẩu hoặc dán các cấu trúc trong ISIS / Symyx định dạng tập tin Sketch (định dạng tập tin SKC).
• file CDX bao gồm các đối tượng đồ họa xoay xuất khẩu từ các phiên bản cũ của ChemDraw không thể nhập.
• tính Tautome
• Generic Tautome là không đủ độc đáo trong một số trường hợp. Do việc sửa chữa, các Tautome chung được cung cấp dưới dạng thơm.
• tính Tautome Canoncical đã được cải thiện do sự sửa chữa của dearomatization.
• Một số cấu trúc với hydro rõ ràng kết nối với trái phiếu nêm cho một ngoại lệ trong tautomerization chung chung.
• tính toán lượng đã mất tích từ cxcalc.
• Cơ cấu Checker ném NullPointerException thay vì bỏ qua tập tin cấu hình không chính xác.

là gì mới trong phiên bản 5.1.03.2:

• IUPAC Name nhập: chuyển đổi tên IUPAC để cấu trúc.
• OLE 2 hỗ trợ:. Cải thiện hỗ trợ của dán MarvinSketch đối tượng vào văn bản MS office
• Hóa học Điều khoản:. Có sẵn từ Marvin trong dòng lệnh, API và có thể được sử dụng trong các kịch bản Java (trong applet)
• Tăng tốc khởi của MarvinSketch và MarvinView lúc khởi động, cả hai như là phiên bản độc lập, và là thành phần triển khai thực hiện trong các ứng dụng khác.

Yêu cầu :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment