Expression2Kinases

Genome mRNA profiling cung cấp một bản chụp của nhà nước toàn cầu của các tế bào trong điều kiện khác nhau. Tuy nhiên, mức độ mRNA không cung cấp sự hiểu biết trực tiếp của cơ chế điều hòa ngược dòng. Expression2Kinases (X2K) là một phương pháp mới để xác định điều tiết ở thượng nguồn có khả năng chịu trách nhiệm về những thay đổi quan sát được trong biểu hiện gen genome. Bằng cách kết hợp ChIP-seq / chip và vị trí trọng-ma trận (PWM) dữ liệu, tương tác protein-protein, và các phản ứng phosphoryl hóa kinase-chất nền X2K có thể được sử dụng để xác định cơ chế điều tiết ở thượng nguồn của sự khác biệt trên genome trong biểu hiện gen. Ý tưởng là để đầu suy ra các yếu tố phiên mã có khả năng nhất mà điều chỉnh những khác biệt trong biểu hiện gen, sau đó sử dụng các tương tác protein-protein để kết nối các yếu tố phiên mã được xác định bằng cách sử dụng các protein bổ sung cho việc xây dựng mạng con điều tiết phiên mã trung vào các yếu tố này, và cuối cùng là sử dụng kinase-chất nền phản ứng phosphoryl hóa protein, để xác định và ứng cử viên hạng protein-kinase rằng rất có thể điều tiết sự hình thành của các phức phiên mã xác định. X2K cũng chứa các công cụ để thực hiện gen danh sách phân tích làm giàu và dự đoán các loại thuốc có thể đảo ngược hoặc làm trầm trọng thêm những thay đổi trong biểu hiện gen. . Cách tiếp cận X2K có thể nâng cao hiểu biết của chúng ta về tín hiệu tế bào và làm sáng tỏ các loại thuốc cơ chế hoạt động

Yêu cầu :

Java Runtime Environment 6.0