DAWGPAWS

Các kịch bản trong bộ phần mềm DAWGPAWS được thiết kế để tạo điều kiện cho thế hệ thông lượng cao các kết quả tính toán cho cả geneDAWGPAWS là một bộ các script viết bằng Perl được ngủ được thiết kế để hỗ trợ một Nhóm công tác Annotation phân tán (Dawg) trong chú thích tự của BAC cỡ contigs. Kể từ bộ phần mềm này đã được ban đầu được viết chú thích BACS lúa mì lấy mẫu ngẫu nhiên, nó được đánh giá là một đường ống để Annoate mì Sequnces (bàn chân). Mặc dù các chương trình này được thiết kế ban đầu cho lúa mì, các kịch bản có thể được áp dụng cho hầu như bất cứ sinh vật nhân chuẩn đường ống dẫn trình tự annoation.
Các kịch bản trong bộ phần mềm DAWGPAWS được thiết kế để tạo điều kiện cho thế hệ cao thông lượng của các kết quả tính toán cho cả hai gen & nbsp; chú thích và chú thích tố chuyển vị bằng cách sử dụng một số chương trình anotation chuỗi hiện có. Những kết quả này sẽ được chuyển đổi từ đầu ra nguồn gốc của chương trình chú thích riêng cho các định dạng tập tin GFF chuẩn. Kể từ khi một tập tin GFF là một tập tin văn bản delmited tab đơn giản, nhiều kết quả tính toán cho một chuỗi duy nhất một cách dễ dàng có thể được nối với nhau bằng cách sử dụng các công cụ maninpulation văn bản chuẩn như mèo; bằng chứng rằng mèo và dawgs có thể chơi tốt với nhau. DAWGPAWS cung cấp công cụ bổ sung để tạo điều kiện bằng cách sử dụng Apollo Genome Annotation curation Tool để hiển thị và curation các kết quả tính toán.
Cách sử dụng của DAWGPAWS là thông qua một loạt các chương trình dòng lệnh. Một giao diện dòng lệnh đã được lựa chọn từ các chương trình thường sẽ được chạy từ xa trên máy preformance cao chạy một số phiên bản của hệ điều hành Unix / Linux. Kể từ khi một inteface dòng lệnh đã được viết cho tất cả các chương trình, không có kiến ​​thức đặc biệt của Perl là cần thiết để sử dụng bộ phần mềm này. Tuy nhiên, vì một số các kịch bản Perl dựa trên mô-đun Perl bên ngoài, một kiến ​​thức làm việc của Perl sẽ rất hữu ích khi cài đặt DAWGPAWS.
Làm thế nào để Cite DAWGPAWS
Một bản thảo đã được trình mô tả các chương trình DAWGPAWS. Cho đến khi bản thảo này được công bố, vui lòng tham khảo các trang web DAWGPAWS SourceForge khi mô tả việc bạn sử dụng chương trình này.
JC Estill và JL Bennetzen. 2009. DAWGPAWS Pipeline cho các chú giải của gen và chuyển vị Elements trong Plant Genome. http://dawgpaws.sourceforge.net/
Hỗ trợ Annotation Chương trình
DAWGPAWS bao gồm các kịch bản để làm việc với máy tính bằng chứng từ các chương trình độc lập sau đây và các trang web. Bạn có thể nhận được thông tin cho các chương trình sau bằng cách nhấp vào tên chương trình chú thích, và bạn có thể nhận được các tài liệu cho các kịch bản DAWGPAWS bằng cách nhấp vào tên kịch bản. Để biết thông tin đầy đủ về cài đặt và sử dụng các chương trình này, hãy xem hướng dẫn DAWGPAWS.
Các chương trình này chú thích không được bao gồm trong chương trình DAWGPAWS và phải được cài đặt riêng rẽ

Tính năng .

thao tác