di động Điện sinh mô phỏng môi trường (CESE) là một khuôn khổ toàn diện được thiết kế đặc biệt để thực hiện mô phỏng điện sinh tính toán, ví dụ, mô phỏng các hoạt động điện myocyte tim.
Điện sinh tế bào mô phỏng môi trường là hữu ích cho các mô phỏng của điện thế hoạt động, dòng ion cá nhân, và những thay đổi trong nồng độ ion.
CESE là một chương trình đa nền tảng, nó chạy trên bất kỳ hệ thống mà có môi trường thời gian chạy Java (JRE) phiên bản 1.4 hoặc cao hơn. Nó đã được thử nghiệm trên Windows, Linux, Solaris, MacOS X, và AIX.
Người sử dụng CESE
CESE là một môi trường tích hợp để thực hiện mô phỏng tính toán bằng cách sử dụng một loạt các mô hình điện sinh.
Ở giai đoạn này CESE cho phép tạo ra và thực hiện các mô hình đơn bào (chứa cả Hodgkin-Huxley (HH) và công thức hiện tại Markovian). Mô hình hoạt động điện của tế bào cơ tim với mã nguồn được bao gồm trong phân phối CESE. Chúng tôi hy vọng sẽ mở rộng số lượng các mô hình có sẵn, và thêm một số mô hình tế bào thần kinh trong tương lai.
Sức mạnh chính của CESE là ở tính thống nhất & # 65.533 của nó; một giao diện chương trình vẫn giữ nguyên với nhiều loại khác nhau của các mô hình. Bạn có thể dễ dàng chuyển đổi giữa các mô hình và so sánh kết quả mô phỏng. Thông số mô hình có thể được sửa đổi, lựa chọn cho đầu ra và / hoặc kẹp trong cùng, cách tiêu chuẩn.
CESE mở rộng ý nghĩa lý điện thông thường của "điện áp kẹp". Bạn có thể kẹp hầu như bất kỳ biến mô hình, trong đó có điện áp (điện thế màng), tổng số cá nhân dòng ion, nồng độ ion, nhiệt độ, biến gating, vv Các lệnh kẹp có thể là mảnh-khôn ngoan chức năng phức tạp, cá nhân thiết lập cho biến mô hình quan tâm . Điều này mở ra khả năng vô tận cho việc thăm dò hành vi mô hình phức tạp.
CESE cung cấp đơn giản, nhưng hiệu quả visualizations dữ liệu. Kết quả mô phỏng có thể được trình bày trong các hình thức đồ họa và lập bảng. Lô có thể được tùy chỉnh, và khu vực quan tâm thu nhỏ.
Mặc dù CESE không được thiết kế để trở thành một công cụ phân tích dữ liệu, bạn có thể tạo ra các mối quan hệ hiện tại áp (I-Vs) và tính toán các thông số thống kê cho một tín hiệu được đưa ra trong chương trình. Bạn có thể xuất dữ liệu của bạn để ASCII, Axon Text File (ATF), và các định dạng NetCDF tiếp tục phân tích trong gói yêu thích của bạn.
Phát triển CESE
CESE đã được tạo ra từ mặt đất lên để kết hợp các thực hành lập trình tốt nhất có sẵn cho các nhà phát triển Java, cả về giao diện người dùng nhất quán và rõ ràng mã và tái sử dụng. Bất cứ nơi nào có thể, CESE dựa vào Java API có sẵn (ví dụ Java2D, JavaBeans, JAXP) để đơn giản hóa mã.
Tạo mô hình đòi hỏi một số chức năng nhà kế toán phải được mã hoá & # 65.533; này bao gồm các nhà tích hợp ODE, thói quen xử lý các thông số mô hình, tiết kiệm / khôi phục lại trạng thái mô hình, hình dung kết quả mô phỏng, vv CESE cung cấp cho bạn thực hiện cho những thói quen, do đó, bạn có thể tập trung vào viết mã cho dòng ion bê tông (s), và CESE sẽ xử lý phần còn lại.
CESE không cố gắng để tạo ra khuôn khổ chương trình phức tạp trên 65.533 riêng & # của nó; thay vào đó, nó sử dụng các API Java lõi. Ví dụ, các mô hình là các thành phần Java phù hợp với các đặc điểm kỹ thuật JavaBeans. Chúng tôi sử dụng XML để chỉ định các lệnh kẹp, và Java đối tượng serialization để lưu / khôi phục lại các thông số mô hình.
Có gì mới trong phiên bản này:
Bình luận không