Basic Local Alignment Search Tool

Basic Local Alignment Search Tool là trong ngắn BLAST là một tập hợp các chương trình tìm kiếm tương tự được thiết kế để khám phá tất cả các chuỗi có sẵn cơ sở dữ liệu không phân biệt các truy vấn là protein hay DNA.
Nó sử dụng một thuật toán heuristic mà tìm địa phương như trái ngược với sự sắp xếp, toàn cầu, và do đó có thể phát hiện các mối quan hệ giữa các trình tự mà chia sẻ vào những vùng bị cô lập tương tự.
Nó có thể được chạy ở địa phương như một thực thi đầy đủ, và có thể được sử dụng để chạy các tìm kiếm BLAST chống tin, cơ sở dữ liệu địa phương, hoặc tải về bản sao của cơ sở dữ liệu NCBI. Nó chạy trên Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF, HP-UX và hệ thống

là gì mới trong phiên bản này:.

• Cải tiến:
• tài liệu nâng cao, bao gồm các hướng dẫn cài đặt đơn giản, có sẵn tại http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Thêm hỗ trợ cho hard-masking của cơ sở dữ liệu BLAST.
• Cải thiện hiệu suất của makeblastdb cho FASTA đầu vào với số lượng lớn các trình tự, cải thiện kiểm tra lỗi.
• Cho phép tùy chọn Best Hit và XML định dạng cho chế độ Blast2Sequences
• Cho phép nhiều chuỗi truy vấn cho psiblast.
• Cho phép đặc điểm kỹ thuật của bất kỳ chuỗi liên kết chuỗi nhiều như là bậc thầy với các đối số -in_msa psiblast.
• Thêm một đối số tùy chọn để -input_type makeblastdb.
• Hỗ trợ các truy vấn và chiều dài tùy thuộc vào đầu ra dạng bảng.
• Hiệu suất của lập luận -seqidlist cải thiện.
• Các tối thiểu số lượng các mô tả và sắp xếp doanh nghiệp được sử dụng cho các bảng và đầu ra XML (phù hợp với hành vi của các ứng dụng blastall cũ).
• Sửa lỗi:
• Makeblastdb và các vấn đề blastdbcmd với phân tích, lưu trữ và lấy định danh tự.
• nhận dạng đối tượng trong Thiếu đầu ra dạng bảng.
• Blast_formatter -num_alignments bỏ qua và -num_descriptions
• định dạng lưu trữ Blast có thể được cứu không đúng với các truy vấn nhiều.
• Blast_formatter thành lập một kết nối mạng không cần thiết.
• Blast_formatter không lưu mặt nạ thông tin một cách chính xác.
• Rpstblastn có thể sụp đổ nếu tìm kiếm nhiều trình tự.
• megablast chỉ mục sẽ không chạy ở chế độ đa luồng.
• kiếm danh hiệu trong PSSM cứu bởi psiblast đã không được lưu trữ.
• thất bại có thể chạy ở chế độ đa luồng với các truy vấn nhiều cơ sở dữ liệu hoặc các trình tự lớn.
• Tblastn chạy với cơ sở dữ liệu mặt nạ có thể bỏ lỡ trận đấu.
• đầu ra cụt cho đầu vào liên tục với các không gian phụ trong defline
• Vấn đề với những chương trình MacOSX trên MacOSX 10.5

là gì mới trong phiên bản 2.2.24:

• Giới thiệu BLAST Archive định dạng cho phép định dạng của stand- mình BLAST tìm kiếm với blast_formatter.
• Nó cho biết thêm hỗ trợ cho các dịch masking mềm đối tượng trong cơ sở dữ liệu BLAST.
• Nó cho biết thêm hỗ trợ cho các BLAST vết trở lại hoạt động (btop) định dạng đầu ra.
• Nó cho biết thêm các tùy chọn dòng lệnh để blastdbcmd niêm yết cơ sở dữ liệu BLAST có sẵn.
• Cải thiện hiệu suất của định dạng tìm kiếm BLAST từ xa. Sử dụng một mã thoát phù hợp cho những điều kiện, bộ nhớ.
• Một sửa chữa cho một lỗi trong megablast lập chỉ mục với nhiều cơ sở dữ liệu không gian-BLAST tách ra.

mới trong phiên bản 2.2.19 là gì:

• Các biến môi trường BLASTDB bây giờ hỗ trợ nhiều đường đi tìm kiếm cơ sở dữ liệu . Khi có thể, một bảng tra cứu nhỏ protein được sử dụng để cải thiện hiệu suất.
• formatrpsdb bây giờ hỗ trợ việc tạo ra cơ sở dữ liệu lớn hơn 2G.
• seedtop bây giờ hỗ trợ tìm kiếm với danh sách gi.
• Các giá trị X3 cho blastn / megablast đã được sửa chữa.