DendroPy

Nó cung cấp các lớp học và các chức năng để làm việc với dữ liệu phát sinh loài như cây và ma trận ký tự.
Nó cũng hỗ trợ đọc và viết dữ liệu trong một loạt các định dạng dữ liệu phát sinh loài tiêu chuẩn, chẳng hạn như NEXUS, NeXML, Phylip, NEWICK, FASTA, vv ..
Ngoài ra, các kịch bản để thực hiện một số tính toán hữu ích phát sinh loài được phân bố như là một phần của thư viện, chẳng hạn như SumTrees, trong đó tóm tắt các hỗ trợ cho các phần chia nhỏ hoặc các nhánh được đưa ra bởi một mẫu sau của cây phát sinh loài.
Có được mở rộng thêm các tài liệu và tập tin hướng dẫn trong gói tải về

là gì mới trong phiên bản này:.

• cơ sở hạ tầng mới cho siêu dữ liệu chú thích:. AnnotationSet và chú thích
• Hỗ trợ đầy đủ các NeXML 0.9 phân tích cú pháp siêu dữ liệu và văn bản.
• get_from_url () và read_from_url () phương pháp hiện cũng cho phép đọc dữ liệu phát sinh loài từ URL của.
• Added GBIF mô-đun tương thích (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

là gì mới trong phiên bản 3.12.2:

• cơ sở hạ tầng mới cho các chú thích siêu dữ liệu: AnnotationSet và chú giải.
• Hỗ trợ đầy đủ các NeXML 0.9 phân tích cú pháp siêu dữ liệu và văn bản.
• get_from_url () và read_from_url () phương pháp hiện cũng cho phép đọc dữ liệu phát sinh loài từ URL của.
• Added GBIF mô-đun tương thích (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

là gì mới trong phiên bản 3.11.0:

• kịch bản ứng dụng mới cho phép nối của nhãn chi nhánh trên toàn nhiều cây đầu vào:. sumlabels.py
• class khả năng tương tác mới dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. wrapper cho Seq-Gen tích hợp vào thư viện
• New chức năng khả năng tương tác dendropy.interop.muscle.muscle_align ():.
wrapper cho sự liên kết CƠ BẮP
• New lớp khả năng tương tác dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. wrapper cho RAxML
• Phương pháp prune_taxa () thêm vào CharacterMatrix.
• module Math chuyển đến subpackage riêng của họ:. dendropy.mathlib
• module mới cho ma trận và vector tính toán:. dendropy.mathlib.linearalg
• module mới để tính khoảng cách thống kê:. dendropy.mathlib.distance
• Gia đình của các chức năng tính toán khoảng cách Mahalanobis trong dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

là gì mới trong phiên bản 3.9.0:

• Tính năng mới:
• tương phản độc lập phát sinh loài (PIC) phân tích bây giờ có thể được thực hiện bằng cách sử dụng các lớp dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Giản coalescent chứa (cây gen ở các loài cây) mô phỏng.
• Thay đổi:
• đối số từ khóa để as_string (), write_to_path (), write_to_file, vv phương pháp đã được tinh chỉnh để trở nên phù hợp hơn cho NEXUS và các định dạng Newick. Từ khoá trước vẫn còn được hỗ trợ, nhưng sẽ bị phản đối. Các thiết lập mới của các đối số từ khóa được hỗ trợ có thể được nhìn thấy trong: ref: NEXUS và Newick viết tùy biến & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; phần.
• NEXUS và Newick giờ định dạng mặc định với trường hợp không nhạy cảm nhãn phân loại; chỉ định case_insensitive_taxon_labels = False cho trường hợp nhạy cảm.
• Sửa chữa lỗi:
• Đọc sách nhân vật xen kẽ ma trận không có kết quả còn trong khối sau được bỏ qua (NEXUS).
• Bị bắt OverflowError khi tính toán thống kê tóm tắt.

là gì mới trong phiên bản 3.8.0:

• đối tượng Tree bây giờ có thể được rerooted tại trung điểm (xem Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Chú thích (ví dụ, các thuộc tính của Tree, Node hoặc Edge đối tượng đã có & quot; chú thích () & quot; kêu gọi họ) có thể được viết như bình siêu dữ liệu (& quot; [& field = value] & quot;) khi viết NEXUS / định dạng NEWICK nếu annotations_as_comments lập luận từ khóa được sử dụng.
• Khi đọc trong NEXUS / NEWICK cây định dạng, xác định extract_comment_metadata = True sẽ cho kết quả trong ý kiến ​​siêu dữ liệu bị kéo vào trong từ điển, với các phím được fieldnames và giá trị là giá trị trường.
• Khi đọc dữ liệu định dạng NEXUS, SETS khối sẽ được xử lý, và các bộ ký tự phân tích thành các CharacterDataMatrix có liên quan.
• tập kí tự (như, ví dụ, phân tích ra khỏi NEXUS SETS khối: xem ở trên) có thể được xuất khẩu như đối tượng CharacterDataMatrix mới, và được cứu / thao tác / etc. independentally.
• Khi viết trong NEXUS hoặc NEWICK định dạng, các write_item_comments lập luận từ khóa (True hoặc False) có thể kiểm soát xem ý kiến ​​mở rộng liên kết với các nút trên cây sẽ được viết hay không.
• class TopologyCounter thêm vào dendropy.treesum:. cho phép theo dõi các tần số topo
• treesplits.tree_from_splits () cho phép thi công các (topology-only) cây từ một tập hợp các phần chia nhỏ.
• Hầu hết các chức năng được sử dụng để được 'dendropy.treemanip' đã được di chuyển như các phương pháp bản địa của lớp dendropy.Tree. 'Dendropy.treemanip' sẽ bị phản đối.
• Cây bây giờ có thể được cắt tỉa dựa trên một danh sách các nhãn đơn vị phân loại để loại bỏ hoặc giữ (trước đó, phương pháp này sẽ chỉ chấp nhận danh sách các đối tượng Taxon).

là gì mới trong phiên bản 3.7.1:

• Tính năng mới:
• Thực hiện các "phương pháp tiếp cận chung lấy mẫu '(Hartman et al 2010:... Cây Lấy mẫu từ Evolutionary Models; Syst Biol 49, 465-476). phương pháp mô phỏng cây từ mô hình sinh tử
• Thay đổi:
• đúng tên / phù hợp đối với một số chức năng xác suất.
• Sửa chữa lỗi:
• Lỗi trong xác nhận ghi đè lên các tập tin đầu ra khi sử dụng SumTrees '-e' / '- split-cạnh ". tùy chọn
• cổ và tóc hoa râm tham khảo bán hóa thạch để 'taxa_block' sửa chữa để 'taxon_set'.

là gì mới trong phiên bản 3.7.0:.

• Di Trú để cấp giấy phép BSD-style

là gì mới trong phiên bản 3.6.1:

• SumTrees bây giờ làm việc (trong chế độ nối tiếp) dưới cũ phiên bản Python (tức là & # x3c; 2,6).
• Sửa chữa cho khả năng tương thích với Python 2.4.x.

là gì mới trong phiên bản 3.5.0:

• Phương pháp thêm ladderize (), để đặt các nút trong tăng dần (mặc định) hoặc giảm dần (ladderize (bên phải = True)) đặt hàng.
• Added & quot; con thú-summary-cây & quot; đặc điểm kỹ thuật schema để xử lý cây đồng thuận BEAST được chú thích.
• Thêm module mới để tương tác với cơ sở dữ liệu NCBI:. dendropy.interop.ncbi

là gì mới trong phiên bản 3.4:..

• ez_setup.py Gói cập nhật lên phiên bản mới nhất

Yêu cầu :

• Python 2,4-3,0