Biopython

Phát triển một nhóm các nhà phát triển đó là một nỗ lực hợp tác phân phối để phát triển thư viện Python và ứng dụng giải quyết các nhu cầu của các công trình hiện tại và tương lai trong tin sinh học.

là gì mới trong phiên bản này:.

• Bio.Phylo hiện nay có các mô-đun xây dựng cây và sự đồng thuận, từ các công việc GSoC bởi Yanbo Ye
• Bio.Entrez bây giờ sẽ tự động tải về và bộ nhớ cache file NCBI DTD mới cho phân tích cú pháp XML dưới thư mục nhà của người sử dụng (sử dụng ~ / .biopython trên Unix như hệ thống, và $ APPDATA / biopython trên Windows).
• Bio.Sequencing.Applications hiện nay bao gồm một wrapper cho các công cụ dòng lệnh samtools.
• Bio.PopGen.SimCoal bây giờ cũng hỗ trợ fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3 văn, hmmer3-tab, và hmmer3-domtab bây giờ hỗ trợ đầu ra từ hmmer3.1b1.
• BioSQL bây giờ có thể sử dụng các gói mysql-connector (có sẵn cho Python 2, 3 và PyPy) như là một thay thế cho MySQLdb (Python 2 chỉ) để kết nối với một cơ sở dữ liệu MySQL.

là gì mới trong phiên bản 1,63:

• Bây giờ sử dụng Python 3 phong cách xây dựng trong các chức năng tiếp theo trong nơi .next phong cách Python 2 vòng lặp '() phương pháp.
• Các phiên bản hiện tại loại bỏ yêu cầu của thư viện 2to3.

là gì mới trong phiên bản 1.62:.

• phát hành đầu tiên của Biopython đó chính thức hỗ trợ Python 3

là gì mới trong phiên bản 1.60:

• module New Bio.bgzf hỗ trợ đọc và ghi các file BGZF ( Bị chặn GNU Zip Format), một biến thể của GZIP với truy cập ngẫu nhiên hiệu quả, phổ biến nhất được sử dụng như một phần của các định dạng tập tin BAM và tabix.
• Các phân tích cú pháp GenBank / EMBL bây giờ sẽ đưa ra cảnh báo về địa điểm tính năng không được công nhận và tiếp tục phân tích cú pháp (để lại vị trí của tính năng là None).
• Các Bio.PDB.MMCIFParser bây giờ được biên soạn theo mặc định (nhưng vẫn không có sẵn trong Jython, PyPy hay Python 3).

là gì mới trong phiên bản 1,59:

• Bio.TogoWS mô-đun mới cung cấp một wrapper cho TogoWS Văn API.
• Các NCBI Entrez Fetch chức năng Bio.Entrez.efetch đã được cập nhật để xử lý nghiêm ngặt của NCBI của nhiều đối số ID trong EFetch 2.0.

là gì mới trong phiên bản 1,58:

• Một giao diện mới và phân tích cú pháp cho các PAML (phát sinh loài Phân tích theo Maximum Likelihood) trọn gói của chương trình, hỗ trợ codeml, baseml và yn00 cũng như Python thực hiện lại của chi2 được thêm vào như là các mô-đun Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO hiện nay bao gồm đọc hỗ trợ cho các tập tin ABI (& quot; Sanger & quot; dấu vết tập tin trình tự mao mạch, chứa được gọi là trình tự với PHRED chất)
.
• Các Bio.AlignIO & quot; FASTA-M10 & quot; phân tích cú pháp đã được cập nhật để đối phó với những dòng đánh dấu được sử dụng trong phiên bản FASTA Bill Pearson của 3.36.

là gì mới trong phiên bản 1,57:.

• Biopython bây giờ có thể được cài đặt với các pip

được gì mới trong phiên bản 1.56:

• Các module Bio.SeqIO đã được cập nhật để hỗ trợ protein EMBL file (sử dụng cho các cơ sở dữ liệu bằng sáng chế), các tập tin IMGT (một biến thể của các định dạng tập tin EMBL, với sự giúp đỡ từ Uri Laserson), và các tập tin XML UniProt.

là gì mới trong phiên bản 1,55:

• Rất nhiều công việc đã được hướng tới hỗ trợ Python 3 (thông qua kịch bản 2to3), nhưng trừ khi chúng tôi đã phá vỡ một cái gì đó bạn không nên nhận thấy bất kỳ thay đổi.
• Về các tính năng mới, nổi bật đáng chú ý nhất là các lớp wrapper dòng lệnh ứng dụng công cụ bây giờ là thực thi, mà nên làm cho nó dễ dàng hơn nhiều để gọi công cụ bên ngoài.

Yêu cầu :

• Python 2.6 hoặc cao hơn