CLC Main Workbench

Điều này giới thiệu chức năng 4-tuần hoàn của CLC Combined Workbench tập hợp phân tích tất cả các chuỗi DNA của CLC Gene Workbench và phân tích tất cả các chuỗi protein của Workbench Protein CLC. Tất cả các phân tích được tích hợp đầy đủ trong một ứng dụng phần mềm duy nhất, người dùng thân thiện và trực quan

Điều gì là mới trong phiên bản này:.

Cải tiến

• Cập nhật danh sách enzyme giới hạn từ rebase & nbsp;.

• cố định một vấn đề với chạy BLAST trên MacOS Sierra
• liên kết PFAM Cập nhật & nbsp;. theo báo cáo của Pfam công cụ miền tìm kiếm
• cố định một vấn đề được giới thiệu trong & nbsp;.. CLC chính Workbench 7.7.2 nơi enzyme được liệt kê theo thứ tự abc sau RdeGBI bị thiếu thông tin methyl hóa
• sửa lỗi nhỏ khác nhau

Điều gì là mới trong phiên bản 7.7.2:

Workflows

kết quả đầu ra
• Workflow bây giờ có thể được cấu hình để các thư mục con để chứa các kết quả đầu ra được tạo ra.
• giữ chỗ mới có sẵn khi xác định tên của các kết quả đầu ra công việc: {user}, {chủ}, và cho các yếu tố của các dấu thời gian của các đối tượng ra, {năm}, {tháng}, {ngày}, {hour}, {minute}, {} giây.
• giữ chỗ trong các tên đầu ra công việc mà trước đây chỉ có như chữ số có thể được quy định sử dụng tên viết: {name} là một từ đồng nghĩa với {1} và {input} là một từ đồng nghĩa cho {2}
.
• 
  

  Khi sử dụng {2} giữ chỗ cho đặt tên tùy chỉnh trong các yếu tố đầu ra công việc, chỉ có đầu vào mở khóa sẽ được bao gồm trong các tên tạo ra.

  
  
• 
  

  Trong pdf tạo ra hiển thị tất cả các thông số cấu hình của một công việc, mục cho các thông số kết nối với một công cụ hoặc một yếu tố đầu vào bây giờ liệt kê tên của các yếu tố xác định. Trước đây, danh sách tham số cho các yếu tố như bị bỏ trống.

  
  
• 
  

  Trường hợp tên công cụ đã bị thay đổi trong một quy trình làm việc, tên ban đầu là hiện nay bao gồm cùng tên đã thay đổi khi xuất khẩu thông số quy trình làm việc.

• 
  

  Quan điểm lịch sử của các yếu tố dữ liệu được tạo ra sử dụng một quy trình làm việc hiện nay bao gồm thông tin về các công việc đã tạo ra chúng.

  
  
• Thứ tự của các công cụ trong công việc "Add Element" trình đơn hiện phù hợp với thứ tự trong menu Workbench Toolbox.
• Cải thiện xác nhận quy trình làm việc để hỗ trợ người sử dụng trong việc xác định các đầu vào đó sẽ bị bỏ qua do cấu hình của các yếu tố công việc.

& nbsp;

& nbsp;

• Các công cụ Quick Launch là bây giờ tìm thấy dưới menu Toolbox thay vì menu View và một nút gọi là Launch mang lên công cụ này đã được thêm vào thanh công cụ.

• Phân tích bây giờ có thể được tung ra trên các yếu tố dữ liệu được liệt kê trong bảng kết quả của một tìm kiếm địa phương bằng cách lựa chọn các yếu tố quan tâm, đúng cách click chuột và điều hướng qua các menu ngữ cảnh xuất hiện.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; & nbsp; ". Xóa liên kết (s)" tùy chọn để loại bỏ các hiệp hội siêu dữ liệu từ các yếu tố dữ liệu được chọn đã được thêm vào tội lỗi nhìn Metadata Elements trong một menu ngữ cảnh phù hợp

• Trong Metadata Tìm Associated liệu xem nó bây giờ cũng có thể sử dụng Tìm trong Navigation Diện tích khi nhiều hàng được lựa chọn là.

  
  
• Khi nhập siêu dữ liệu từ một bảng tính với công thức ở trong đó, kết quả của việc đánh giá của các công thức (như được hiển thị trong Excel) hiện nay được nhập khẩu chứ không phải là công thức riêng của mình.

& nbsp;

• Tất cả các máy chủ giao tiếp NCBI hiện được mã hóa. (NCBI sẽ được di chuyển tất cả các dịch vụ web với giao thức HTTPS trên 30 tháng 9 năm 2016) & nbsp;.

  
  

• Danh sách các enzyme được cài đặt sẵn trong bàn làm việc & nbsp;. Đã được cập nhật từ rebase

  
  

• Các tùy chọn "không có trong danh sách" đã được giới thiệu như là một tùy chọn lọc bảng mới.

  
  

• Đọc chi tiết nhóm đang hiển thị trên giao diện phần tử Thông tin của danh sách thứ tự.

  
  

• GenBank nhập khẩu hiện nay cũng cho phép tên tập tin với phần mở rộng 'GBFF'.

  
  

• "Sắp xếp thư mục" công cụ bây giờ sử dụng phân loại số cho tên tập tin bắt đầu bằng một chữ số.

• giữ chỗ mới có sẵn khi xác định tên của các kết quả đầu ra xuất khẩu: & nbsp; {User}, & nbsp; {chủ}, và cho các yếu tố của các dấu thời gian của các đối tượng ra, {năm}, & nbsp; {tháng}, & nbsp; {ngày}, & nbsp; {giờ, & nbsp; {phút}, & nbsp; . {} thứ hai & nbsp;
• giữ chỗ trong các tên sản lượng xuất khẩu mà trước đây chỉ có như chữ số có thể được quy định sử dụng tên viết: {input} là một từ đồng nghĩa với {1}, {mở rộng} ​​là một từ đồng nghĩa với {2} và {truy cập} là một từ đồng nghĩa với {3}.

Điều gì là mới trong phiên bản 7.7.1:

• Cố định một vấn đề nảy sinh khi thực hiện công việc với nhiều đầu vào trong hàng loạt, mà thay đổi được xác định trước, đầu vào cố định nào đó trong suốt quá trình khởi động không được áp dụng.
• Cố định một vấn đề mà các công cụ Motif Tìm kiếm báo cáo không đúng tất cả các độ chính xác trận đấu như là 0% hoặc 100%.
• Cố định một vấn đề mà sắp xếp một thư mục trong khi tiết kiệm vào nó có thể gây ra một lỗi.
• Cố định một lỗi trong hộp thoại chế độ hàng loạt mà sẽ dẫn đến lỗi khi có vấn đề liên quan đến các tập tin hoặc dữ liệu vị trí cơ bản đã gặp phải.

Điều gì là mới trong phiên bản 7.7:

Nhập siêu dữ liệu - cơ bản và dễ dàng nhập khẩu siêu dữ liệu. Công cụ này bổ sung các công cụ có sẵn trong các siêu dữ liệu Table Editor.

Điều gì là mới trong phiên bản 7.6.4:

• Cố định một lỗi khi tìm kiếm cho các trình tự ở công cụ NCB sẽ thất bại để tải về các trình tự nucleotide với thông báo lỗi "Các trình tự sau đây không được tải về đúng.
• Cố định một vấn đề với BLAST tại NCBI bước của Tạo Protein Báo cáo công cụ.
• Cố định một vấn đề dẫn đến một lỗi trong quá trình xuất khẩu VCF nơi dữ liệu có liên quan ban đầu được nhập khẩu từ các file VCF và các giá trị trong các lĩnh vực QUAL là số nguyên & nbsp;.
• Xuất khẩu nổi-điểm (thập phân) số để VCF & nbsp; định dạng trước đây phụ thuộc vào miền địa phương quy định. Điều này đã được cố định để các & nbsp; phân số thập phân & nbsp;. Bây giờ sẽ luôn là một điểm
• Khi làm hiệp hội tự động của siêu dữ liệu, nhật ký hiện nay cho thấy các hàng siêu dữ liệu không liên quan với bất kỳ dữ liệu.
• Cố định một lỗi đó ngăn ngừa siêu dữ liệu thông tin hướng dẫn để được truy cập từ bên trong Workbench.
• Sửa lỗi làm tự động kết nối sử dụng một bảng siêu dữ liệu được lưu trữ trên một máy chủ CLC sẽ thất bại.
• Tự động hiệp hội của các siêu dữ liệu bây giờ xử lý hiệp hội dựa trên một tiền tố của tên dữ liệu khá chính xác và phù hợp với tên dữ liệu chung.
• Một bảng siêu dữ liệu không còn cần có một cột quan trọng cho các hàng của nó có liên quan bằng tay với các yếu tố dữ liệu.
• Một tùy chọn để ghi đè lên vai trò siêu dữ liệu trước đây có thể nhìn thấy trong cấu hình của kết quả đầu ra Workflow đã được gỡ bỏ.
• Cố định một lỗi xảy ra khi một Workbench Vị trí dữ liệu đã được chỉ vào một tập tin trên hệ thống thay vì một thư mục. Nó sẽ xuất hiện như không có sẵn trong khu vực Workbench Navigation.
• tooltips bật cho tất cả các thông số khi cấu hình và thực hiện các quy trình công việc.
• Các quá trình đăng nhập từ một Workbench để một Server CLC bây giờ phải hoàn thành trước khi mở một url clc sẽ bắt đầu.
• Khắc phục sự cố trên máy Mac nơi Workbench đã không được công nhận là một xử lý giao thức tùy chỉnh cho clc:. // Url
• Giải đáp, một ngoại lệ xảy ra hiếm có thể được kích hoạt bằng cách chuyển sang xem biên tập với một cú nhấp đúp.

Điều gì là mới trong phiên bản 7.6.3:

Các tính năng mới và cải tiến

• trộn vào các yếu tố được lựa chọn bây giờ có thể: nó được sử dụng để hạn chế đến các thư mục đã chọn
.
• Bây giờ ta có thể chọn "EST" như cơ sở dữ liệu khi sử dụng Tìm kiếm Sequences ở công cụ NCBI.
• Các Hierarchical Clustering của công cụ mẫu bây giờ có thể được thực hiện như một phần của quy trình công việc và trên máy chủ.
• Quản lý bộ nhớ cải thiện khi xử lý các yếu tố báo cáo lớn.
• Tooltips trên lá của cây phát sinh loài bây giờ hiển thị một mô tả của chuỗi kèm theo.
• Các số được không còn gắn với tên của các yếu tố Workflow khi tạo một bản sao của một Workflow sử dụng "Open Bản sao Workflow".
• Quản lý siêu dữ liệu. Theo dõi các tập tin đầu vào và nhập thông tin meta cho mẫu của bạn.

Sửa lỗi

• Cố định một vấn đề xảy ra hiếm hoi mà Workbench sẽ hiển thị một thông báo lỗi khi cài đặt một bên thứ 3 Plugin cấp phép.
• Cố định một vấn đề mà chọn một mục trong một bảng kết quả Blast có thể làm nổi bật sự liên kết sai trong trình soạn thảo Blast nếu bảng đã được lọc hoặc sắp xếp.
• Cố định một vấn đề mà cách nhấn vào chú thích trong trình soạn thảo Thiết kế mồi có thể làm phát sinh một thông báo lỗi.
• Cố định một vấn đề mà các chú thích rằng kéo dài các đầu của một chuỗi tròn sẽ được đặt không chính xác trong Thông tư Trình tự xem.
• Cố định một lỗi gây ra các bàn làm việc để đóng băng nếu trình tự nhất định được hiển thị trong xem tròn vẽ xuyên tâm của các nhãn.
• Báo cáo xuất khẩu cố định có tác giả sai trong các tình huống nhất định.
• Cố định một vấn đề theo đó Tạo Box Lô và hiệu trưởng phân tích thành phần đôi khi có thể được chạy với đối số bất hợp pháp, dẫn đến một thông báo lỗi.
• Các đầu ra của công cụ Xếp Complement Chuỗi bây giờ được các hậu tố -RC gắn liền với tên của các đầu vào thay vì -1 trước.
• Cố định một lỗi trong công cụ Dự đoán cấu trúc thứ cấp khi các tùy chọn để tính toán các chức năng phân vùng đã được lựa chọn cho các phân tử dài (& gt; 1000 nucleotide).
• Cố định một vấn đề mà người ta không thể phóng to thu nhỏ sau khi công việc hoàn toàn trên rất lớn.
• Cố định một vấn đề mà ngăn chặn một thư mục gốc trên Windows ổ đĩa từ được sử dụng như một vị trí tập tin.
• Cố định một vấn đề mà cập nhật một cài đặt hiện có trên Windows sẽ cho kết quả trong file .vmoptions bị xóa, mà làm cho chạy Workbench với cấu hình Java mặc định.

Điều gì là mới trong phiên bản 7.6.2:

• Thêm một công trình xung quanh một vấn đề java mà đôi khi dẫn đến việc Workbench hiển thị một lỗi không đủ thông tin và yêu cầu khởi động lại để tiếp tục làm việc.
• Cố định một vấn đề với chạy BLAST tại NCBI nơi một lỗi NCBI tạo về hạn mức sử dụng CPU của họ bị vượt quá không được báo cáo minh bạch và kết quả của "không có hit" đã được báo cáo thay thế.
• Một sửa chữa được áp dụng để tránh một ngoại lệ trong trường hợp khi việc dọn dẹp các file được download từ BLAST thất bại.
• Các Reverse cụ bỏ qua bất kỳ mã di truyền quy định trong bảng tần số codon. Tất cả dịch ngược do đó sẽ mặc định mã di truyền chuẩn.
• Khi cài đặt một công việc với các dữ liệu đi kèm, nó không còn có thể lựa chọn một thư mục chỉ đọc để lưu trữ dữ liệu.
• Cố định hiển thị sai của "định dạng được hỗ trợ" khi xuất khẩu các yếu tố từ một trong hai thư mục Editor hoặc Search Local.
• Fix của tập tin sai tiềm năng đang được lưu khi chỉnh sửa một tập tin được tìm thấy qua các Search Local.
• Lô bên trong báo cáo đang hiển thị với thiết lập bảng phụ lưu của mình.
• Cố định tiết kiệm màu sắc dòng khác nhau ở những mảnh đất thông qua bảng điều khiển bên.
• tùy chọn Bảng điều khiển bên để hiển thị truyền thuyết cho một âm mưu với hơn 10 mẫu được kích hoạt một.
• Cố định một vấn đề mà dẫn đến lỗi khi render lô cho bộ dữ liệu rỗng.
• Cố định một vấn đề mà các "Empty Recycle Bin" tùy chọn là đôi khi không chính xác không có.

Điều gì là mới trong phiên bản 7.6.1:

• Các nước xuất khẩu GTF là bây giờ có sẵn cho Workbench chính.
• Thí nghiệm transcriptomics và mẫu bảng bây giờ có thể được sắp xếp, thậm chí với số lượng lớn hàng.
• Cải thiện Excel, HTML và phân định tab xuất khẩu của các biến thể (Chỉ chọn các chú thích / cột bạn cần).

• Cố định một lỗi ảnh hưởng đến "Cắt Chuỗi Trước / Sau khi lựa chọn" công cụ trong trình soạn thảo Cloning.
• Cố định lỗi mà một trái nhấn nhanh chóng tiếp theo nhấp chuột phải được hiểu như là kích đúp vào OS X (trong danh sách kết quả tìm kiếm kiên trì, trong cây hộp công cụ, và trong trình soạn thảo quy trình làm việc).

Điều gì là mới trong phiên bản 7.6:

• Tracks:
  • sản lượng Phù hợp khi làm phong phú thêm các bài hát khác nhau và theo dõi chú thích với các cột bảng phụ. Sản lượng các bài hát từ các công cụ hiện có cùng số cột của bảng gia tăng và các cột sẽ luôn luôn ở trong cùng một thứ tự. Trước đây, nếu một cột thêm có giá trị rỗng cho tất cả các dòng biến thể, nó sẽ bị loại bỏ khỏi bảng cuối cùng, kết quả là số lượng và trật tự tương đối của các cột bổ sung khi nhiều mẫu được xử lý bằng các công cụ tương tự / quy trình công việc khác nhau. Tất cả các cột được giữ lại bây giờ, tạo điều kiện chế biến sâu các bảng xuất khẩu, và cung cấp các tài liệu tham khảo hình ảnh trước mắt mà các công cụ làm giàu / chú thích đã được áp dụng, ngay cả khi họ không sản xuất bất kỳ kết quả cho một mẫu cụ thể.
  • Bàn cho bài nhạc khác nhau và theo dõi chú thích bây giờ có thể sắp xếp và lọc các cột với các tế bào có chứa nhiều số.
  • Cải thiện người xem theo dõi cho biến thể theo dõi để hiển thị các thay đổi thứ tự trên biến thể trả lại.
  • track Graph hiện nay cho thấy giá trị âm điền lên để y = 0 (như dự kiến).
  • thập phân Tăng cho số khi xuất khẩu bảng để CSV, chữ phân định tab, và Excel.
  • Báo cáo cải thiện các lỗi liên quan đến không gian đĩa thấp.
  
  

Điều gì là mới trong phiên bản 7.5.1:

• Nó bây giờ có thể chạy một công việc mà không có một đầu vào tùy chọn.
• Các công cụ AAC không chú thích các biến thể trong 3 'UTR với biến đổi DNA cấp bằng cách sử dụng định dạng c.xxx HGVS. Điều này ảnh hưởng đến bất kỳ phân tích được thực hiện với GX 7.5 hoặc trước đó dựa trên CDS bài hát Ensembl từ versons cũ. Các phân tích AAC nên được làm lại bằng GX 7.5.1 cho các chú thích chính xác.
• Pfam lọc lỗi cố định. Trước đây, Pfam chỉ báo tên miền đầu tiên của từng loại trong một truy vấn và như một hệ quả nhiều lĩnh vực đã bị bỏ lỡ. Chúng tôi khuyên người dùng có nghiên cứu phụ thuộc vào chú thích Pfam tái chạy công cụ trên dữ liệu của họ.
• Cố định một lỗi trong công cụ 'Khả năng Phylogeny Tối đa' mà không thành công khi tạo ra các giá trị bootstrap để sắp đầu vào nhất định.
• Cố định vấn đề với di chuyển các tập tin có liên quan khi chọn đối tượng như các tham số trong Wizards công cụ.
• Các kết quả văn bản Blast đã được cải thiện để họ thể hiện các truy vấn chính xác và vị trí đối tượng bất kể sợi.
• Cố định một vấn đề mà ngăn cản hoạt động BLAST khi lựa chọn để chạy các máy chủ trên CLC.
• Nó bây giờ có thể chạy một công việc mà không có một đầu vào tùy chọn.