NCBI C++ Toolkit

C ++ NCBI Toolkit cung cấp miễn phí, di động, thư viện miền công cộng không có giới hạn sử dụng. Nó hoạt động trên Unix, MS Windows, Mac và các nền tảng hệ điều hành:
ย ท Mạng và Truyền thông Interprocess (IPC) thư viện iostream với adapter
ย ท đa luồng Thư viện
ย ท CGI và Fast-CGI Thư viện
ย ท Library thế hệ HTML
ย ท SQL Database Library truy cập
ย ท C ++ wrapper thư viện cho BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Adaptor / Wrapper Thư viện
ย ท GZIP và BZ2 C ++ Library Wrapper với adapter iostream
ย ท ASN.1 và Thư viện XML Serialization với C ++ Mã Tool Generator (datatool)
ย ท Date and Time Library
ย ท File System Function Library
ย ท Command-Line Argument, cấu hình và Thư viện Processing Môi trường
ย ท Trình tự sắp Library Algorithms
ย ท BLAST cơ Library
ย ท sinh học Sequences Retrieval và Thư viện chế biến
ย ท FLTK Portable và OpenGL dựa trên GUI và đồ họa thư viện
Bên cạnh đó ở trên, có một toàn bộ rất nhiều thư viện hữu ích hơn, cả hai mục đích chung và công nghệ sinh học liên quan đến liên tục được phát triển, duy trì và sử dụng trong sản xuất thực tế cuộc sống của hàng trăm Web và các ứng dụng độc lập và lập trình của họ (cũng được tính trong hàng trăm).
Nếu bạn là một nhà phát triển C ++, bạn sẽ tìm thấy bản chất di động của thư viện rất hữu ích trong việc xây dựng nền tảng ứng dụng ngay cả khi bạn không có nhiều sự quan tâm trong tin sinh học. Thư viện như những người cho CGI / Fast-CGI, HTML, mạng, cơ sở dữ liệu SQL Access, ASN.1 và XML Serialization là mục đích khá chung chung và có thể được sử dụng trong một loạt các ứng dụng bên ngoài các vấn đề tên miền Bioinformatics.
The C ++ Toolkit trải qua phát triển tích cực với các thư viện được xây dựng mỗi đêm. Các mã nguồn là tự do có sẵn thông qua FTP và CVS. Các tài liệu cho các C ++ Toolkit có sẵn trực tuyến trong định dạng NCBI Bookshelf và cũng cuốn sách như tải về ở định dạng Acrobat PDF

là gì mới trong phiên bản này:.

• TIÊU ĐIỂM:
• Added LDS2 (Local lưu trữ dữ liệu v.2) mà là dựa trên SQLite3, có nhiều tính năng mới và hiệu suất tốt hơn. Cũng thực hiện LDS2 dữ liệu loader để sử dụng LDS2 từ trình quản lý đối tượng.
• XmlWrapp -đây thuận tiện xử lý XML API đã được chủ yếu là thành phẩm (và thậm chí đánh bóng).
• Thực hiện đường hầm và ủy quyền của các kết nối HTTP và đường hầm của ổ cắm an toàn, thông qua các proxy HTTP.
• CFormatGuess bây giờ cho phép phân biệt giữa GTF, GFF3, và GFF2. Đó là một sự thay đổi có thể phá vỡ. Để biết thêm chi tiết dưới đây.
• Thực hiện các bộ phận chính của CFeatTree, lớp để tổ chức các tính năng được định nghĩa trên một chuỗi sinh học thành một hệ thống phản ánh mối quan hệ cha-con của họ (dựa trên các phân nhóm tính năng).
• CORELIB:
• Thực hiện chuyển đổi theo địa phương độc lập của chuỗi tăng gấp đôi và trở lại; thư viện lõi thay đổi để sử dụng nó.
• NStr :: Justify () - cho định dạng của đoạn văn bản
.
• CNcbiApplication - làm FindProgramExecutablePath tĩnh, và mạnh mẽ hơn; thêm một phương pháp GetAppName cấp cao tĩnh. Hãy tìm các tập tin cấu hình toàn cầu trong trường hợp nhiều hơn.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Phương pháp mới phơi bày logic xác định những tập tin (nếu có) để tải
• CEnvironmentCleaner -. Lớp mới để loại bỏ các biến môi trường không mong muốn
• CFileIO - trở lại hành vi ban đầu:.
không đóng tập tin xử lý nếu nó được giao qua SetFileHandle ()
• SERIAL:
• Serialization của AnyContent đối tượng dữ liệu - cố định để nhận biết và làm đúng quy trình các thuộc tính trong giá trị của họ
.
• Sửa đọc dữ liệu XML để gán cho một giá trị mặc định phần tử khi nó không có nội dung.
• Thêm hỗ trợ cho các trình tự của các yếu tố, trong đó các phần tử có giá trị mặc định.
• DATATOOL:
• Sửa chữa hệ mã của:
• CHOICE đối tượng dữ liệu;
• kiểu dữ liệu nhị phân với các thuộc tính.
• Sửa đổi các giá trị kiểu double để bảo tồn quan trọng hơn chữ số.
• CONNECT:
• Thêm ổ cắm keepalive tùy chọn (fSOCK_KeepAlive).
• Added NCBI kiểm tra kết nối (CConnTest).
• Utilites:
• g_FindDataFile -. Chức năng mới cho việc định vị các file dữ liệu (cấu hình) các vị trí tiêu chuẩn
• CChecksumStreamWriter -. Lớp mới để tính toán checksum của các dữ liệu ghi vào một dòng
• g_GZip_ScanForChunks () - API mới, để truy vấn các vị trí dòng nén. Thêm vào thực hiện để có được vị trí cho riêng gzip-file bên trong file gzip nối vào nhau.
• thao tác dòng thêm nén / giải nén (bao gồm / util / nén / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) cập nhật, với một sự thay đổi có thể phá vỡ. Mục đích của việc này là để cho phép CFormatGuess để phân biệt giữa GTF, GFF3, và GFF2. Hiện nay nó cục u tất cả những định dạng thành một giá trị 'eGtf'. Cũ 'eGtf' giá trị (3) đang được thay thế bằng 'eGtf_POISONED', và sẽ không được trả lại một lần nữa. Các giá trị mới cho 'eGtf' (21) sẽ có nghĩa là một tập tin đó phải được đọc với CGtfReader (objtools / đọc / gtf_reader.hpp). Các giá trị mới 'eGff3' (22) là cho các tập tin có nghĩa là để được đọc với CGff3Reader (objtools / đọc / gff3_reader.hpp), và 'eGff2' (24) là cho các tập tin có nghĩa là để được đọc với CGff2Reader (bao gồm / objtools / độc giả /gff2_reader.hpp)
• BIO-ĐỐI TƯỢNG:
• CBioseq :: GetNonLocalId - phương pháp mới để giúp các chuỗi nơi nhập khẩu từ các tập tin FASTA với thông số kỹ thuật trong phạm vi bối cảnh nhiều hơn; bọc bởi CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (tương tự như vậy mới).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Thực hiện hay cải thiện công nhận để có thêm tiền tố (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, và IAA-Izz, một số trong đó tương ứng với các khả năng mới của DDBJ TPA WGS dữ liệu) và trong hỗn hợp TPA đan có protein (chủ yếu là từ EMBL, nhưng một số từ GenBank quá).
• Phân biệt WGS đan có tổng bằng một bit cờ mới. Thư giãn quá nghiêm ngặt luận nhận PDB.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -.
Chức năng mới để làm việc với các định danh chuỗi đồng bằng văn bản, yếu tố ra khỏi CFastaReader và khái quát phần nào
• SSeqIdRange - loại mới (hoàn thành với phân tích cú pháp và on-the-fly & quot; iterator & quot;) để làm việc với các dãy Seq-id, như hiện diện trong một số bổ nguồn FASTA defline
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Tùy chọn chấp nhận tên tùy chỉnh cho các trình tự duy nhất. Tag phạm vi tiêu cực sợi với 'hàng đầu của c.

.
• CFastaReader - Hỗ trợ phạm vi tiêu cực sợi và nhỏ gọn defline kiểu cú pháp sequin của khoảng cách (? & Quot; & gt; N & quot; trong đó N là một số; hoặc & quot; & gt; unk100 & quot;)
• coban:
• Thêm dòng lệnh tùy chọn -num_domain_hits giới hạn số lĩnh vực bảo tồn mỗi chuỗi được sử dụng trong tính toán hạn chế sự liên kết.
• cây phát sinh loài:
• Thêm giao diện cấp cao hơn cho máy tính cây phát sinh loài từ sự sắp xếp thứ tự (ví dụ kết quả BLAST và coban). Lớp CPhyTreeCalc tính cây phát sinh loài, và CPhyTreeFormater in cây trong Newick và Nexus định dạng.

THƯ VIỆN
• BIO-OBJECT:
• CheckNumRows thực hiện () và các phương pháp khác để sắp thưa thớt.
• Để giảm bộ nhớ: đọc thêm móc để giảm bộ nhớ sử dụng bởi sự sắp xếp, sau khi tuần tự hóa; Na-strand bây giờ sử dụng một byte của bộ nhớ khi có thể; Lựa chọn Score.value bây giờ được nhúng trong CScore.
• Tận nhập trong CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-OBJECT MANAGER:
• phương pháp getter thêm cho lĩnh vực boolean trong CTableFieldHandle.
• Added GetBestGeneForFeat () dựa trên CFeatTree.
• Thực hiện GetBestOverlappingFeat () trên CFeatTree.
• Thêm nhanh cscope :: GetTaxid ().
• Thực hiện tải số lượng lớn cho acc / ver, gi, nhãn hiệu, và taxid.
• Thêm những khoảng trống không dài để kiểm tra CSeqMap và CSeqVector.
• Thực hiện getLength () và GetCoverage () cho các địa điểm liên kết.
• Cải tiến:
• Thêm phương pháp giúp đỡ để điền vào vị trí CFeatTree.
• Sped lên bản đồ các địa điểm CSeq_loc_mix đơn giản trong CFeat_CI.
• phân loại chặt chẽ các tính năng trong CFeat_CI để tránh sự mơ hồ.
• thu khí CSeq_feat_Handle bây giờ làm việc với Seq-bảng tính năng quá.
• Các tính năng Seq-bảng bây giờ hỗ trợ các lĩnh vực sử dụng đa cấp.
• Non-Seq kỳ Seq-bàn đã được công nhận ngay cả khi nằm trong phân chia đoạn.
• Sped lên CBioseq_Handle :: AddId ().
• Tối ưu cscope :: AttachXxx ().
• Hỗ trợ chia nhỏ các tên chú thích.
• CSeqVector và CanGetRange CSeqVector_CI của () bây giờ trở lại sai thay vì ném một ngoại lệ.
• Cho phép chỉ định làm thế nào để đối phó với tay cầm hiện có trong ResetHistory ().
• Tối ưu hóa lại làm cha mẹ nếu thêm nhiều tính năng được thêm vào CFeatTree.
• Thêm khả năng để gỡ lỗi cscope tạo / xóa.
• Nhiều thay đổi chức năng dọn dẹp các ++ C để bắt chước các chức năng dọn dẹp mà đã tồn tại trong C. Vẫn còn rất nhiều việc phải làm với BasicCleanup, nhưng những tiến bộ đáng kể đã được thực hiện. Ít công việc đã được thực hiện cho ExtendedCleanup như được nêu ra.
• CSeq_loc_Mapper bây giờ có thể được khởi tạo với một GC-hội.
• Sửa lỗi:
• Cố định lập bản đồ địa điểm hợp trên trừ sợi trong CFeat_CI.
• Nhiều lỗi trong cách CFeatTree liên kết các tính năng.
• Nhiều sửa thread-an toàn.
• Sửa lỗi typo ngăn ngừa thêm Canh lề và đồ thị để CSeq_annot_EditHandle.
• Bảo vệ chống lại các trường hợp ngoại lệ khi tính năng phân loại trong CFeat_CI.
• Tem DỮ LIỆU LOADER:
• Registered HPRD chú thích bên ngoài.
• Thêm tùy chọn exclude_wgs_master param trong độc giả pubseqos / pubseqos2.
• Thực hiện tải số lượng lớn cho acc / ver, gi, nhãn hiệu, và taxid.
• Added CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Cải tiến:
• Sử dụng số lượng lớn các yêu cầu tải trong cscope :: GetBioseqHandles ().
• thống kê độc giả riêng của loại blobs nạp.
• Thêm dấu thời gian để thông điệp debug GenBank.
• Sử dụng IConnValidator cho mở các kết nối PubSeqOS.
• Thêm split-phiên bản để yêu cầu chunk chunk và khóa con trong GenBank bộ nhớ cache để tránh sử dụng những phần sai khi chia blob nhà nước được thay đổi trong ID.
• Nhập tên param ít gây nhầm lẫn thứ cấp cho thời gian chờ mở.
• Đừng nhân thử đếm bằng số lượng kết nối.
• THI OBJECT MANAGER VÀ DEMO ỨNG DỤNG:
• id2_fetch_simple -. Thêm tùy chọn cho -ID của tùy ý Seq-id
• test_bulkinfo -. Ứng dụng thử nghiệm mới
• FASTA:
• chức năng của bảng tính năng C ++ đã được thực hiện nhiều chức năng như là một phần của dự án BankIt.
• asn2flat tiện ích
• số lớn các thay đổi để flatfile formatter để đưa nó gần gũi hơn với nhà nước để phát hành đã sẵn sàng (có thể phát hành đã sẵn sàng vào thời điểm này, mặc dù một số vấn đề tương đối nhỏ ở lại).
• XMLWRAPP:
• Cố định lỗi phân khúc trong trường hợp dùng một tài liệu tham khảo để biểu thức XPath kết quả hoạt động.
• Thêm người giúp đỡ để có được ID công cộng, hệ thống ID và tên DTD cho các tập con bên ngoài và nội bộ.
• phương pháp thêm để tra cứu các thuộc tính nút.
• Cố định thực hiện các biểu thức XPath:. Nó bây giờ bắt đầu từ nút cho
• Cố định tìm kiếm các thuộc tính (bao gồm mặc định) khi một tên miền không gian được cung cấp.
• Thêm khả năng để chạy biểu thức XPath mà không cần thiết phải đăng ký tên miền không gian một cách rõ ràng.
• Thêm khả năng để cung cấp container để thu thập các lỗi và cảnh báo trong khi phân tích các tài liệu.
• Thêm khả năng để thay đổi các giá trị và không gian tên của các thuộc tính mặc định của nút.
• Thêm khả năng để kiểm tra nếu một thuộc tính là mặc định.
• Thêm khả năng để chèn hay loại bỏ các thuộc tính trong khi tính đến không gian tên của họ.
• Thêm khả năng để loại khai báo XML khi một tài liệu được lưu.
• WindowMasker:
• Thêm một định dạng đầu vào mới, & quot; & quot ;; seqids với các định dạng đầu vào, đầu vào là một tập tin có chứa một id tự trên mỗi dòng, và các thuật toán sử dụng Manager Bio-Object để tìm kiếm các trình tự.
• Thêm một CWinMaskConfig class mới, để lưu trữ tất cả các thông số cấu hình WindowMasker. Các lớp có thể được sử dụng để thêm các đối số dòng lệnh cần thiết để CArgDescriptions, và sau đó nhận được các thông số cấu hình từ các đối số dòng lệnh.
• BUILD KHUNG (UNIX):
• Giải thích các thông số kỹ thuật dòng lệnh của APP_PROJ hoặc LIB_PROJ như một tín hiệu rõ ràng ra khác * Cài đặt _PROJ không còn được cung cấp ở đó. (Yêu cầu GNU Make;. Xây dựng với Sun làm tiếp tục làm việc như trước)
• Cung cấp các mục tiêu nhiều hơn trong các thư mục con:. * _f (Sử dụng makefiles địa phương phẳng sản xuất theo yêu cầu, bỏ qua sự phụ thuộc vào các bộ phận khác của cây), * _fd (gói đầu cấp Makefile.flat), clean_sources và purge_sources
• Cấu hình và kịch bản tiện lợi của nó (trình biên dịch / unix / sh *.):
• ĐÁNG CHÚ Ý cờ mới --without-3psw -. Không sử dụng với bất kỳ phần mềm của bên thứ 3
• Thêm một kiểm tra cho GLEW.
• kiểm tra cải tiến để Boost và OpenGL.
• Hỗ trợ chỉ định đường dẫn chạy trên Darwin (Mac) hệ thống với dãy công cụ hiện đại.
• BLAST:
• Mở Darwin (Mac OS X), chỉ xây dựng cho các bộ vi xử lý Intel ngay cả trong trường hợp phổ xây dựng do một giới hạn PowerPC toolchain.
• Thêm hỗ trợ cho việc lấy NCBI Taxonomy ID mà hỗ trợ WindowMasker có sẵn.
• Cho phép các đặc điểm kỹ thuật của một chuỗi truy vấn cùng với nhiều tập tin liên kết chuỗi trong psiblast.
• Thêm cơ sở dữ liệu hỗ trợ khó che.
• Thêm cơ sở dữ liệu mềm che cho các tìm kiếm dịch.
• Thêm hỗ trợ cho btop (hoạt động BLAST traceback) và truy vấn và dài của chủ đề trong báo cáo dạng bảng.
• ứng dụng Command-line - cho phép psiblast để tìm kiếm các truy vấn nhiều, thêm -input_type tùy chọn cho makeblastdb
• Cho phép sử dụng các hit tốt nhất và XML trong chế độ blast2sequences.
• Cải thiện hiệu suất định dạng cho các tìm kiếm từ xa.
• makembindex bây giờ có thể xây dựng chỉ số MegaBLAST đeo mặt nạ trực tiếp từ một cơ sở dữ liệu BLAST nucleotide sử dụng các thông tin mặt nạ lưu trữ trong CSDL BLAST. Điều này được thực hiện bằng mới tùy chọn dòng lệnh để -db_mask makembindex. Các tùy chọn chấp nhận các số nguyên id của các thuật toán lọc được hỗ trợ bởi các cơ sở dữ liệu BLAST. Các tùy chọn chỉ có thể được áp dụng cùng với -iformat blastdb.
• Để hỗ trợ người dùng trong việc tìm ra các id số của thuật toán lọc được hỗ trợ bởi một cơ sở dữ liệu BLAST, các -show_filters cờ được giới thiệu. Áp dụng các cờ với -iformat blastdb và cơ sở dữ liệu BLAST là một đầu vào gây makembindex để ra một danh sách các thuật toán lọc có sẵn và thoát.
• ỨNG DỤNG NETCACHE:
• NetCache được làm lại để bao gồm các tính năng sau đây:
• Quản lý tốt hơn không gian đĩa;
• lock-ít làm việc với các đốm màu, phiên bản được sử dụng thay thế;
• đa cổng lắng nghe và mỗi khách hàng cài đặt biệt.
• NetCache và ICache API:
• Sử dụng uint8 ở khắp mọi nơi cho kích thước blob.
• Cho phép truy blob một phần.
• Giới thiệu bảo vệ mật khẩu blob; mật khẩu rỗng đang được coi là không có mật khẩu.
• Worker API nút:
• tham số mới để chấm dứt các nút công nhân nếu tiêu thụ bộ nhớ của nó vượt quá giới hạn quy định (tham số & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• tham số mới để chấm dứt các nút công nhân nếu thời gian chạy của nó vượt quá giới hạn quy định (tham số & quot; total_time_limit & quot;)
.
• ỨNG DỤNG GRID:
• netscheduled
• Cố định một lỗi gây ra không có bài trả lời cho lệnh xóa hàng đợi.
• remote_app
• tham số cấu hình mới (& quot; tmp_dir & quot;). Để kiểm soát cách tạm thời tên thư mục được tạo ra - để làm giảm chiều dài của nó
• Đăng blob lỗi văn bản.
• netcache_control
• Cho phép truy blob một phần.
• New lệnh -Xoá để xóa các đốm màu của id của họ.
• New -auth tham số để xác định chuỗi xác thực để sử dụng.
• lệnh New -reconf và -reinit để sử dụng bởi các quản trị viên NetCache.
• netschedule_control
• Bật chế độ tương thích để làm cho công việc netschedule_control với các nút công nhân lớn tuổi.
• cgi2rcgi.cgi
• Không tạo ra một NetCache blob trống rỗng như một giữ chỗ cho các thông báo tiến trình.
• lỗi Đăng Lưới được báo cáo cho người sử dụng.
• Cho phép các khoảng trống trong các tham số ID công việc.
• Hỗ trợ đầu ra của các thông tin tình trạng công việc ở định dạng JSON.
• Cho phép tùy chỉnh các mẫu HTML được định nghĩa cho lỗi GRID và các sự kiện khác.
• Thêm no-cache tiêu đề HTTP để tránh bộ nhớ đệm của kết quả trung gian.
• ncfetch.cgi
• tham số mới để truy cập các đốm màu mật khẩu bảo vệ.
• Giải thích thêm tham số & quot; filename & quot; như một tên tập tin cho các tập tin tải về.

là gì mới trong phiên bản 31 tháng 12 2008:

• phát hành này thêm một phương pháp để tính toán cột cụ thể pseudocounts trong PSI-BLAST.
• Nó refactors thư viện dịch vụ lưới điện.
• Nó thêm khuôn khổ kiểm tra đơn vị và lỗi đăng nhập cho tất cả các lớp học tập API.
• Nó sửa chữa hỗ trợ pthread trên IRIX. Nó tăng cường hỗ trợ của XML serialization.
• Nó sửa chữa hỗ trợ cho Sybase.
• Nó cho biết thêm hỗ trợ cho các bảng tra cứu nhỏ hơn cho các truy vấn nhỏ.
• Nó thêm một API để lấy số liệu thống kê loader GenBank.
• Nó đã khác cả mọi loại cải tiến, sự tăng tốc và sửa lỗi.