STEPS

BƯỚC là một gói phần mềm để mô phỏng ngẫu nhiên chính xác của hệ thống phản ứng khuếch tán trong hình học 3D tự ý phức tạp. Thuật toán mô phỏng của chúng ta là một thực hiện của SSA Gillespie, mở rộng để đối phó với sự khuếch tán của các phân tử qua các yếu tố của một lưới tứ diện 3D.
Trong khi nó đã được phát triển chủ yếu để mô phỏng mô hình chi tiết của các đường truyền tín hiệu thần kinh trong sợi nhánh và xung quanh các khớp thần kinh, nó là một công cụ nói chung và có thể được sử dụng để nghiên cứu bất kỳ con đường sinh hóa trong đó gradient không gian và hình thái được cho là đóng một vai trò.
Chúng tôi đã thực hiện BƯỚC như một tập hợp các mô-đun Python, có nghĩa là người dùng có thể sử dụng BƯỚC script Python để kiểm soát tất cả các khía cạnh của việc thiết lập các mô hình, tạo ra một lưới, kiểm soát các mô phỏng và tạo ra và phân tích đầu ra. Các thói quen tính toán cốt lõi vẫn được thực hiện như C / C ++ module mở rộng cho tốc độ tối đa thực hiện.
. BƯỚC được phân phối theo giấy phép GPL v3

Yêu cầu :

• Python