Staden Package

Staden Package là một bộ phát triển đầy đủ của lắp ráp chuỗi DNA (Gap4), chỉnh sửa và công cụ phân tích (spin) cho Unix, Linux, MacOSX và MS Windows.
Trên mặt trận Gap4 đã có một số trẻ vị thành niên tham gia có liên quan
cải tiến trong cách điểm số tham gia trong Tìm nội Joins và
chức năng của các nút align vào các tham Editor.
Ngoài ra các hậu quả để gap4 là những thay đổi khác nhau để io_lib (các
thư viện cho tất cả các I / O cho các định dạng tập tin dấu vết khác nhau). Với việc bổ sung
của một chương trình hash_exp mới bây giờ nó cho phép cho các tập tin thử nghiệm để được
nối với nhau và lập chỉ mục. Danh sách tên các tập tin thử nghiệm
stil cần được cung cấp để gap4, nhưng cung cấp môi trường EXP_PATH
biến đã được thiết lập một cách chính xác gap4 sẽ có thể lấy cá nhân
trình tự trên các file thí nghiệm nối
lưu trữ. Cải tiến giao diện người dùng cho việc này vẫn cần phải được
thực hiện.
454 SFF lưu trữ đang được hỗ trợ tốt hơn. Các defsult 454 chỉ số
bây giờ làm việc, mặc dù chương trình hash_sff có thể được sử dụng để cung cấp một
chiến lược index thay thế (có thể nhanh hơn trong một số trường hợp).
Gap4 và Trev cũng có một phong cách hiển thị dấu vết cho rằng dấu vết
có 1 mẫu quét (kênh x4) cho mỗi cuộc gọi cơ bản. Trong trường hợp này nó có thể
cũng rút ra 4 giá trị niềm tin thay vì 1 mỗi cơ sở. Những khả năng này
sẽ cho phép tích hợp tốt hơn Solexa dấu vết dễ dàng hơn khi
sẵn.
Thêm tất nhiên sự pha trộn thông thường các sửa lỗi và chỉnh nhỏ. Xem
ghi đầy đủ sự thay đổi để biết chi tiết (thông qua các trang web SourceForge).
Những thay đổi đáng chú ý khác
Gap4