SSuMMo

SSuMMo là một thư viện các chức năng được thiết kế xung quanh lặp đi lặp lại sử dụng hmmer gán chuỗi để đơn vị phân loại & nbsp;. Kết quả là cây chú thích rất cao cho thấy loài / phân phối chi trong cộng đồng đó.
Các chương trình có sẵn với mã nguồn bao gồm các công cụ để: -
- Xây dựng cơ sở dữ liệu phân cấp của mô hình Markov ẩn - dictify.py;
- Phân bổ trình tự tên phân loại được công nhận - SSUMMO.py;
- Phân tích tính đa dạng sinh học, sử dụng Simpson, Shannon & rankAbundance.py methods- khác;
- Hình dung kết quả như cladograms với một khả năng riêng biệt để dễ dàng xuyên so sánh bộ dữ liệu - comparative_results.py
- Chuyển đổi kết quả để định dạng phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Đại diện build html - dict_to_html.py.
- Đường cong độ chân không, cốt truyện và tính chiết đa dạng sinh học tương ứng
Mã nguồn Python được cung cấp ở đây, trên mã google. Các cơ sở dữ liệu dựng sẵn theo cấp bậc của HMMs, cũng như một cơ sở dữ liệu SQL phân loại tối ưu hóa (sử dụng để suy luận cấp bậc của mỗi đơn vị phân loại) có thể được tải về từ: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Để cài đặt thông tin, vui lòng tham khảo các README. Đối với thông tin sử dụng, có một wiki (ở trên), và Hướng dẫn sử dụng sơ bộ đã được thêm vào các thân cây svn

Yêu cầu .

• Python