PathVisio

PathVisio là một mã nguồn mở và ứng dụng đồ họa hoàn toàn miễn phí được thực hiện trong các ngôn ngữ lập trình Java và được thiết kế từ mặt đất lên để được sử dụng để hiển thị, phân tích và chỉnh sửa con đường sinh học dưới một điều hành GNU / Linux system.Can được sử dụng để vẽ đường , liên kết phần mềm entitiesThe sinh học cho phép người dùng để vẽ đường, liên kết thực thể sinh học (protein hay gen) để dữ liệu sinh học, sử dụng cơ sở dữ liệu nhận dạng, chỉnh sửa đường, cũng như phân tích các con đường. Với PathVisio bạn cũng sẽ có thể bản đồ dữ liệu thử nghiệm, chẳng hạn như dữ liệu microarray, và hình dung nó trên đầu trang của các bản vẽ đường hiện có.
Ngoài ra, bạn sẽ có thể chọn một cơ sở dữ liệu gen, chọn một cơ sở dữ liệu trao đổi chất, xem thống kê, dữ liệu biểu hiện nhập khẩu, chọn biểu số liệu, con đường tìm kiếm, xem huyền thoại, thao tác các đối tượng, các dự án nhập khẩu, cũng như cài đặt và quản lý các plugins, mà có thể thêm chức năng bổ sung cho app.Requires không có ứng dụng installationThe có thể được sử dụng mà không cần cài đặt nó trên hệ điều hành GNU / Linux của bạn. Tất cả bạn phải làm là tải về các gói nhị phân từ Softoware, lưu trữ vào một vị trí của sự lựa chọn của bạn, giải nén nó bằng cách sử dụng một tiện ích quản lý lưu trữ, mở thư mục giải nén và kích đúp vào pathvisio.jar file.Under các hoodWhile dùng một cái nhìn nhanh chóng dưới mui xe của các phần mềm PathVisio, chúng tôi & rsquo; đã nhận thấy rằng các ứng dụng được viết hoàn toàn bằng ngôn ngữ lập trình Java, và giao diện người dùng đồ họa của nó được thiết kế với công nghệ Java Swing mới nhất. Chúng tôi & rsquo; đã thử nghiệm thành công các ứng dụng trên máy tính hỗ trợ một trong các architectures.Runs CPU 32 hoặc 64-bit trên bất kỳ hệ điều hành mà Java được supportedBeing viết bằng ngôn ngữ lập trình Java, PathVisio có thể được khai báo là một ứng dụng độc lập nền tảng hỗ trợ GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, và bất kỳ hệ điều hành khác, nơi mà các công nghệ Java mới nhất được hỗ trợ

là gì mới trong phiên bản này:.

• 31 Tháng 1 năm 2014: Bug sửa chữa phát hành
• thuật ngữ GeneOntology giờ được loại bỏ khỏi kết quả tìm kiếm cho các chú thích
• DataNodes cần phải được chú thích với ID và Datasource hoặc không có gì (tiết kiệm nút dữ liệu chỉ với ID hoặc nguồn dữ liệu không được phép nữa)

là gì mới trong phiên bản 3.1.2:

• lỗi chính trong module nhập khẩu tập tin cố định: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

là gì mới trong phiên bản 2.0.11:

• Tự động
• Zoom sử dụng bánh xe di chuyển
• Lựa chọn dòng là dễ dàng hơn: không còn cần thiết để click vào các điểm ảnh chính xác
• Bây giờ có hai phương pháp để phân tích qua đại diện; một con đường định hướng và một định hướng dữ liệu

là gì mới trong phiên bản 2.0.10:

• cách mới của bản vẽ hình chữ nhật tròn để tránh kéo dài hiệu lực
• Nhiều sửa lỗi nhỏ

là gì mới trong phiên bản 2.0.9:

• loại kết nối mới cho kết nối chiều dài tùy ý và tùy tiện góc
• New & quot; thành phần tế bào & quot; tài sản để lưu trữ các ý nghĩa sinh học của một khoang
• New & quot; đôi & quot; loại đường (đặc biệt hữu ích cho các bào quan double-membraned)
• siêu liên kết có thể kích vào đường
• xem cột mốc quan trọng: & quot; milestone_27 & quot; cho một danh sách đầy đủ của các sửa lỗi

là gì mới trong phiên bản 2.0.8:

• hình dạng cải tiến cho các thành phần tế bào
• Một vài cải tiến khả năng sử dụng như copy / paste trong popup menu
• xem cột mốc quan trọng: & quot; milestone_26 & quot; cho một danh sách đầy đủ của các sửa lỗi

là gì mới trong phiên bản 2.0.7:

• biểu tượng trên thanh công cụ và bảng điều khiển bên mới để làm cho nó dễ dàng hơn để chọn các loại mũi tên và hình dạng (nhờ liubing)
• cơ sở dữ liệu Pathway được bao gồm như là nguồn dữ liệu, do đó bạn có thể thêm các liên kết từ một con đường khác
• BioPAX chuyển đổi đã được cải tiến và sản xuất các tài liệu BioPAX hợp lệ.
• loại kết nối mới, nơi các điểm riêng biệt có thể được thao tác (nhờ leonth)
• Số lượng nguồn dữ liệu đã được tăng lên đến hơn 180
• xem cột mốc quan trọng: & quot; milestone_25 & quot; cho một danh sách đầy đủ của các sửa lỗi

là gì mới trong phiên bản 2.0.6:

• Số neo vào một hình dạng có thể được tăng lên từ mặc định là 12.
• Một truyền thuyết về sự hình dung dữ liệu bây giờ có thể được hiển thị trên hình ảnh con đường riêng của mình. Trước đây nó là chỉ hiển thị trong một bảng điều khiển bên.
• xem cột mốc quan trọng: & quot; milestone_24 & quot; cho một danh sách đầy đủ của các sửa lỗi

là gì mới trong phiên bản 2.0.4:

• cải thiện định dạng văn bản của hình dạng, nhãn và datanodes
• nhiều hình dạng hơn cho datanodes
• tọa độ điểm ảnh đơn giản
• thiết lập màu nền trên datanodes

là gì mới trong phiên bản 2.0.3:

• Đáng chú ý nhất trong phiên bản này là Schema XML mới cho các định dạng đường GPML (phiên bản 2010a). Định dạng đường mới này sẽ cho phép nhiều khả năng đồ họa mới trong tương lai, bạn có thể mong đợi một số người xuất hiện trong các phiên bản tiếp theo.
• Các tính năng mới khác:
• neo vô hình đang thực sự vô hình, ít nhất là khi một cái gì đó được kết nối với họ (Nhờ Margot)
• Thêm tùy chọn dòng lệnh -v (nhờ Mark)
• Hiện nay cơ sở dữ liệu được chọn sẽ được hiển thị đúng trong thanh trạng thái lần nữa
• Nhiều điểm mở rộng mới cho các nhà phát triển trình cắm
• xem cột mốc quan trọng: & quot; milestone_21 & quot; cho một danh sách đầy đủ của các sửa lỗi

là gì mới trong phiên bản 2.0.1:

• Cải thiện thuật toán cho các kết nối tự động trỏ đến một anchor .
• Cải thiện bản vẽ của các loại mũi tên đó có một đoạn ngắn & quot; gap & quot; ở cuối.
• Bởi vì các dịch vụ Thawte freemail đã bị hủy, chúng tôi cập nhật của chúng tôi giấy chứng nhận an
• Người xem Pathway Lịch sử đã có một lỗi nơi mỗi dòng được coi là biến đổi, thậm chí nếu nó không được. Điều này đã được cố định.

Yêu cầu :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment