Pathomx

Pathomx (trước đây là MetaPath) là một phần mềm đồ họa mã nguồn mở thực hiện trong IPython, Qt và PyQt, được thiết kế từ mặt đất lên để hoạt động như một tiện ích tương tác cho trực quan và phân tích các dữ liệu trao đổi chất dưới GNU / Linux và POSIX khác & nbsp; điều hành hệ thống. Ban đầu nó được thiết kế để được sử dụng cho chế biến metabolomics data.Features tại một tính năng bao gồm hỗ trợ cho glanceKey nhập khẩu và xuất khẩu NMR (Nuclear Magnetic Resonance) dữ liệu, xử lý phổ, bao gồm cả bình thường, di chuyển chuột và liên kết, cũng như con đường trao đổi chất trực quan và khai thác mỏ. Bạn cũng sẽ có thể nhập dữ liệu về gen và metabolomics thông qua các tuyến đường khác nhau để hình dung về con đường quy định.
Nhiều chú thích cơ sở dữ liệu MetaCyc cũng được bao gồm trong ứng dụng Pathomx, trong đó chúng ta có thể đề cập đến các liên kết cơ sở dữ liệu thống nhất đất nước, từ đồng nghĩa, cũng như các con đường liên kết và phản ứng. Xin lưu ý rằng các cơ sở dữ liệu MetaCyc có nguồn gốc từ các API công cộng.
Ứng dụng sử dụng cơ sở dữ liệu mạnh mẽ MetaCyc thăm dò nhanh chóng của bộ dữ liệu phức tạp, nhờ mở rộng và bổ sung cấu hình. Ngoài ra, nó sử dụng các thư viện NumPy và scipy cho số lượng xử lý, Matplotlib cho đồ họa, nmrglue cho NMR dữ liệu nhập khẩu, d3.js cho các biểu đồ tương tác, và scikit-học cho phân tích thống kê methods.Under mui xe và hỗ trợ OSesLooking dưới mui xe của Pathomx, chúng ta có thể nhận thấy rằng các ứng dụng đã được xây dựng trên IPython lệnh shell. Nó cũng hoạt động tốt dưới hệ điều hành Microsoft Windows và Mac OS X, mà nó có sẵn để tải về như các gói nhị phân được xây dựng trước. Đối với GNU / Linux, phần mềm được phân phối chỉ như là một kho lưu trữ nguồn gzipped tương thích với 32-bit và 64-bit nền tảng phần cứng.
Khi sử dụng Pathomx, người sử dụng nên lưu ý rằng ứng dụng này sử dụng dữ liệu từ các cơ sở dữ liệu MetaCyc con đường riêng của mình, đó là một phần của gia đình BioCyc. Các MetaCyc API được sử dụng để tạo ra các cơ sở dữ liệu được cung cấp, được lưu trữ cục bộ

là gì mới trong phiên bản này:.

• Một biên tập hình ảnh hoàn toàn mới kéo-thả đã được bổ sung.
• Nó cho phép bạn tạo ra các quy trình công việc phân tích bằng cách kéo công cụ vào vùng làm việc, chỉnh sửa các kết nối bằng cách kéo dòng dữ liệu giữa các công cụ, và sử dụng xem nội tuyến để có được một cái nhìn tổng quan về xử lý hiện hành.
• Dữ liệu có thể được thả vào không gian làm việc cho nhập khẩu ngay lập tức.
• Nó cũng bổ sung trực tiếp cho mỗi công cụ thông báo tiến bộ, quán bar, và các chỉ số trạng thái.
• Các lỗi được đánh dấu bằng văn bản trợ giúp (tooltips trên công cụ khi có chỉ định màu đỏ).

Yêu cầu :

• Graphviz