MetagenomeDB

Phần mềm chụp màn hình:
MetagenomeDB
Các chi tiết về phần mềm:
Phiên bản: 0.2.2
Ngày tải lên: 12 May 15
Nhà phát triển: Aurelien Mazurie
Giấy phép: Miễn phí
Phổ biến: 7

Rating: 1.0/5 (Total Votes: 1)

MetagenomeDB là một thư viện Python được thiết kế để dễ dàng lưu trữ, truy xuất và chú thích các chuỗi metagenomic & nbsp;. MetagenomeDB hành động như một lớp trừu tượng trên đầu trang của một cơ sở dữ liệu MongoDB. Nó cung cấp một API để tạo và sửa đổi và kết nối hai loại đối tượng, cụ thể là trình tự và các bộ sưu tập:
& Nbsp; * trình tự (lớp trình tự) có thể được đọc, contigs, nhái PCR, vv
& Nbsp; * bộ sưu tập (Collection class) đại diện cho bộ trình tự; ví dụ, lần đọc kết quả từ các trình tự của một mẫu, contigs lắp ráp từ một bộ đọc, thư viện PCR
Bất kỳ đối tượng có thể được chú thích bằng cách sử dụng một cú pháp điển như:
# Đầu tiên, chúng tôi nhập khẩu các thư viện
nhập khẩu MetagenomeDB như mdb
# Sau đó chúng ta tạo ra một đối tượng mới với hai dãy
# (Bắt buộc) tài sản, 'name' và 'chuỗi'
s = mdb.Sequence ({"name": "chuỗi của tôi", "chuỗi": "atgc"})
# Các đối tượng có thể được chú thích
in s ["chiều dài"]
s ["loại"] = "đọc"
# Một lần sửa đổi, các đối tượng cần phải được cam kết
# Để các cơ sở dữ liệu để các thay đổi để duy trì
s.commit ()
Đối tượng của kiểu chuỗi hoặc Bộ sưu tập có thể được kết nối với nhau để đại diện cho các bộ dữ liệu khác nhau metagenomic. Các ví dụ bao gồm, nhưng không giới hạn:
& Nbsp; * Bộ sưu tập của lần đọc kết quả từ một trình tự chạy (mối quan hệ giữa nhiều trình tự các đối tượng và một Collection)
& Nbsp; * bộ contigs kết quả từ việc lắp ráp một bộ đọc (mối quan hệ giữa hai đối tượng Collection)
& Nbsp; * đọc là một phần của một contig (mối quan hệ giữa nhiều trình tự các đối tượng và một trình tự)
& Nbsp; * chuỗi tương tự như trình tự khác (mối quan hệ giữa hai dãy đối tượng)
& Nbsp; * Bộ sưu tập là một phần của một bộ sưu tập lớn hơn (mối quan hệ giữa hai đối tượng Collection)
Kết quả là một mạng lưới các trình tự và các bộ sưu tập, trong đó có thể được khám phá bằng cách sử dụng phương pháp chuyên dụng; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Mỗi một trong những phương pháp cho phép các bộ lọc tinh vi bằng cách sử dụng cú pháp truy vấn MongoDB:
# Danh sách tất cả các bộ sưu tập của loại 'collection_of_reads'
# Các chuỗi 's' thuộc về
bộ sưu tập = s.list_collections ({"loại": "collection_of_reads"})
# Danh sách tất cả các cảnh quay cũng thuộc về những bộ sưu tập
# Với một chiều dài ít nhất 50 bp
cho c trong bộ sưu tập:
& Nbsp; c.list_sequences in ({"chiều dài": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB cũng cung cấp một tập hợp các công cụ dòng lệnh để nhập khẩu các trình tự nucleotide, các chuỗi protein, BLAST và FASTA chỉnh các thuật toán đầu ra, và các tập tin lắp ráp ACE. . Các công cụ khác được cung cấp để thêm hoặc loại bỏ nhiều đối tượng, hoặc để giải thích chúng

Yêu cầu :

  • Python

Phần mềm tương tự

Staden Package
Staden Package

12 May 15

MACS2
MACS2

20 Feb 15

ProteinShop
ProteinShop

12 May 15

bein
bein

12 May 15

Ý kiến ​​để MetagenomeDB

Bình luận không
Nhập bình luận
Bật hình ảnh!