Ghemical

Ghemical là một gói phần mềm hóa học tính toán được lưu hành theo GNU GPL. Nó có nghĩa là toàn bộ mã nguồn của các gói có sẵn, và người dùng có thể tự do nghiên cứu và sửa đổi các gói. Ghemical được viết bằng C ++.
Dự án Ghemical có một giao diện người dùng đồ họa (mà là dựa trên GNOME), và nó hỗ trợ cả lượng tử cơ học (bán thực nghiệm và ab initio) mô hình và cơ chế mô hình phân tử (có một Tripos trường lực 5.2 giống như thí nghiệm cho molecu hữu cơ cũng một công cụ để giảm các mô hình protein [1] được bao gồm. tối ưu hóa hình học, động học phân tử và một tập hợp lớn các công cụ trực quan hiện đang có sẵn.
Ghemical dựa vào mã bên ngoài để cung cấp các tính toán cơ học lượng tử. Phương pháp bán thực nghiệm MNDO, Mindo / 3, AM1 và PM3 đến từ các gói MOPAC7 (Public Domain), và được bao gồm trong phân phối nguồn.
Các gói MPQC (GNU GPL) được sử dụng để cung cấp cho ab initio phương pháp: phương pháp dựa trên lý thuyết Hartree-Fock hiện được hỗ trợ với bộ cơ sở khác nhau, từ STO-3G để 6-31G **.
Mã MPQC không được bao gồm trong phân phối nguồn. Để sử dụng các MPQC dựa trên ab initio phương pháp trong Ghemical, đầu tiên bạn phải biên dịch và cài đặt chương trình MPQC cho hệ thống của bạn, và sau đó biên dịch Ghemical sử dụng một số thiết lập cụ thể liên kết các chương trình với nhau; xem các tập tin INSTALL để biết thêm thông tin. Ghemical cũng chứa các gói OpenBabel cho nhập khẩu và xuất khẩu của nhiều định dạng file khác nhau (cũng như các nhiệm vụ khác).
Lắp đặt
Một khi bạn đã tải về các phiên bản mới nhất, bạn nên giải nén tất cả các tập tin từ tập tin lưu trữ của bạn bằng cách sử dụng "tar -zxvvf ghemical-1.00.tgz" hoặc tương đương "gunzip ghemical-1.00.tgz; tar -xvvf ghemical-1.00.tar". Sau đó xin vui lòng đọc "INSTALL" -file bạn chỉ cần trích xuất để có thêm thông tin.
Có gì mới trong phiên bản này: